政府绩效审计已成为世界各国政府审计工作的中心,也是我国当前政府审计的趋势所在。随着我国市场经济体系的逐渐成熟,公共财政管理改革的步伐不断加快,要求进一步深化财政资金科学化、精细化管理。在当前财政支出规模不断扩大的形势下,如何加强财政资金的绩效管理,科学、合理分配使用,将投入的资金产生最大的效益,已成为政府和社会都关注的焦点。在此背景下,财政专项资金绩效审计作为政府绩效审计的重要内容,必要性日益显现出来,成为提高专项资金使用效益,增强公共支出效果,加强政府财政管理的有效手段。中华人民共和国审计署《2008至2012年审计工作发展规划》中提出要全面推进绩效审计,这说明我国审计工作已由财政财务收支与效益审计并重,提升为全面实行绩效审计的层次。而由于各类财政专项资金占政府预算比重大、涉及行业领域广、与群众联系密切、历来审计发现问题较多等特点,使其成为绩效审计开展的最佳突破口。然而,目前我国的财政专项资金绩效审计还未形成一套成熟的模式体系,构建适合我国国情的财政专项资金绩效审计体系,对政府绩效审计的发展具有重大意义。本文从研究的背景与意义入手,在查阅国内外相关研究文献的基础上,首先介绍财政专项资金绩效审计的基本概念,结合新公共管理理论、公共财政理论、公共受托责任理论和平衡计分卡理论,分析我国财政专项资金绩效审计的开展现状,提出当前绩效审计实施中审计目标不明确、绩效评价标准并不完善、缺乏有效的指标体系、绩效审计结果不能得到充分运用等问题。然后通过分析借鉴国外政府财政项目绩效审计的成功经验,尝试着构建一套符合我国国情的财政专项资金绩效审计模式。提出以问题为导向的思路,根据财政资金涉及设立、分配、使用、管理以及后续评估等环节容易出现的重点问题,对照专项资金绩效评价标准,结合运用平衡计分卡的评价方法,设计评价指标体系,对项目绩效进行评价,规范审计流程,更好的发挥财政专项资金绩效审计的作用,并以Y市审计机关完成的关于市级环保专项资金绩效审计项目为例进行实例运用。最后在此模式的研究基础上提出完善我国财政专项资金绩效审计法制环境、加强专业审计人才队伍建设、完善财政资金绩效审计管理和强化审计结果公开的改进建议,进一步完善我国财政专项资金绩效审计的体系,促进我国政府绩效审计的发展。