在当前经济全球化和区域经济一体化的大背景下进行两岸农业合作研究，针对当前两岸农业交流受制于台湾当局的严格管制，两岸农业合作并不通畅，本文先对相关理论文献进行概括和小结，然后，对两岸农业合作的动力机制和制约因素进行分析：从资源禀赋、发展水平和外部威胁三方面指出推进两岸农业合作的动力，从非市场机制、合作信息不对称和合作领域三方面指出制约两岸合作的要素。随后，从投资、贸易和科技管理三个方面进行重点分析，投资方面运用相关数据分析了特点，并通过时间序列模型实证分析投资对贸易的经济效应，指出投资对两岸农产品贸易特别是台湾农产品的出口有较强的拉动作用，因此有必要开放农业资本市场，鼓励两岸农业投资；贸易方面运用贸易条件指数、比较优势指数和贸易专门化指数分别从收益、市场份额和专门化贸易三个角度进行分析得出两岸农产品贸易具有互补性，竞争性不大，应该鼓励；科技管理方面分析了两岸各自的特点和交流的现状，并重点对两岸合作重要模式—两岸农业合作试验区进行了分析，提出存在交流层次较浅，存在自发性、盲目性，单向性等问题。继而从政治可行性角度和经济可行性角度通过比较分析得出构建两岸农业共同市场是两岸农业合作的最佳方式，并分析其效应，最后综合运用上述结论提出推进两岸农业合作，构建两岸农业共同市场的相关建议。