近年来,环境污染的案件总体呈现上升趋势。法院审理的污染环境案件年均已超过2000件。立法发生变更、适用频率不断增加和人们对环境问题的过分关注使得学者们对污染环境罪的研究热度不减反增。但目前学界的关注点都在污染环境罪的立法不足与如何完善上,对环境犯罪司法实践中存在的问题研究的并不深刻。“法律的生命力在于实施”,在推进中国环境刑事法律建设的过程中离不开法律的正确适用。目前我国污染环境罪在司法适用上存在不协调的现象,一些司法人员在司法实务中不能准确适用、甚至正确适用本罪处理环境污染案件。对此,我们应该加强对污染环境罪在司法适用中的问题研究。环境本身的复杂性决定了案件的审理者需要具备较强的专业素养。我国的环境损害鉴定评估制度仍不完善,环境犯罪案件取证困难。污染环境罪司法认定存在理论争议,认定标准不一。有关量刑的法律依据不清晰,量刑基本方法不统一,实务中的可操作性不强。基于此,以刑法规定为基础、司法解释为视角、结合典型判例对污染环境罪司法适用问题进行研究。通过比较分析刑事司法裁判之间的差异发现“严重污染环境”认定存在问题。惩治污染环境犯罪仍存在鉴定难、司法认定矛盾、量刑不够规范等现实问题。据此提出针对性建议及措施规范司法实践中的操作,以期污染环境罪走出司法困境。针对取证鉴定难问题,我们应该进一步规范环境损害司法鉴定程序。针对认定难问题,必须明确“严重污染环境”认定标准,以“行为标准”为主,把“结果标准”作为本罪结果加重犯的依据,并且删除兜底条款。针对污染环境罪共同犯罪认定难题,明确共同犯罪的成立和成立范围,尤其是慎重处理中立帮助行为,避免扩大该罪的处罚范围。针对污染环境罪量刑不够规范的问题,提出了参照最高法的《量刑指导意见》,选择适合污染环境罪的科学合理的量刑方法,以及制定适合该罪名的量刑基准。除此以外,针对污染环境罪本身特性立足于司法专业化的角度提出建立环境审判法庭。