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翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)是我国重要的淡水经济鱼类,主要分布于中国、越南、韩国等东亚国家,长久以来,一直被作为这些地区的名贵食用鱼类。翘嘴鳜在我国已有二十多年的规模养殖历史,近年来随着养殖规模的不断扩大,其种质退化比较严重,表现为生长速度减慢、抗病力低、性早熟等生物学特点,尤其该鱼传染性脾肾坏死病(ISKNV,infectious spleen and kidney necrosis virus)的流行,加大了鳜鱼养殖业的养殖风险,给养殖业带来了巨大的经济损失。本实验通过SLAF-seq(Specific-Locus Amplied Fragments Sequencing)技术批量开发 SLAF标记,并以此为基础构建了翘嘴鳜高密度遗传连锁图;进行了生长、抗ISKNV和性别决定等经济性状的QTL(quantitative trait locus)定位;开展了对相关性状SNP(Single nucleotide polymorphism)分子标记的筛选、鉴定以及将遗传图谱QTL区间与全长转录组DEG文库进行比对。本实验结果将为翘嘴鳜的分子选育工作提供一定的理论指导。1.基于SLAF-seq技术的翘嘴鳜遗传图谱的构建与评估以前期群体选育出的抗ISKNV性成熟个体作为父本和野生性成熟个体作为母本构建F1代家系,随机选取其中160尾子代和亲本共162尾个体作为作图群体,基于SLAF-seq技术构建翘嘴鳜遗传图谱。SLAF测序共获得744.24 M reads(182.92 G),共开发获得SLAF标记208,841个,其中多态性SLAF标记18,418个,多态性比例达到8.82%;有12,365个标记成功进行基因型编码,其分离类型为 abxcd、efxeg、abxcc、ccxab、hkxhk、lmxll 和 nnxnp。筛除质量低、缺少亲本信息、严重偏分离等不适合构建图谱的标记,得到可用于作图的SLAF标记6,150个,过滤掉与其它SLAF标记的LOD值小于4的标记,最终共上图2,344个SLAF标记,上图标记的亲本平均测序深度为189.38X,子代平均测序深度34.94X,上图标记完整度为99.88%。翘嘴鳜遗传图谱共由24个LG组成,总图距为3,268.00 cM,平均图距2.34 cM。其中,最大的LG是LG22,其包含184个标记,图距长226.23cM;最小的LG是LG14,仅包含40个标记,图距长39.12 cM。雌性图谱包含1269个SLAFs,总图距2909.55cM;雄性图谱包含1500个SLAFs,总图距3,196.49 cM。本次构建的遗传图谱将为翘嘴鳜分子标记辅助育种工作提供一定的理论依据。2.翘嘴鳜作图群体的表型数据统计与经济性状QTL定位以构建的遗传图谱为基础,分析作图群体的免疫、生长以及性别性状,结果显示:共检测到11个与生长性状相关的QTL,其中,调控体重、全长、体高和体壳重性状的QTL均为1个,全部位于LG14;检测到3个调控体厚性状的QTL,分别位于LG11与LG18;检测到4个调控体长性状的QTL,分别位于LG2、LG14和LG24。检测到2个抗ISKNV相关性状的QTL分别位于LG18和LG21。共检测到2个参与性别决定的QTL,均位于LG23。在上述15个QTL中,与体宽性状相关的QTL区间内标记最多,共有7个SLAF标记;而与体长性状相关的QTL区间内标记最少,只有1个SLAF标记;与体高、体壳重、体长、全长和体重性状相关的QTL主要集中在LG14上,且这5个QTL有一段重叠区域(5.255-5.255 cM);在这15个QTL中,关于调控体重和体壳重性状的QTL贡献率较高,分别为31.6和32.2。本实验结果将为翘嘴鳜遗传育种提供一定的理论依据。3.翘嘴鳜遗传图谱QTL区间中免疫和生长相关SNP分子标记的挖掘对翘嘴鳜QTL区间中的34个SNP位点进行引物设计,并在作图群体亲本基因组中进行PCR扩增,最终有16个位点成功扩增出目的条带,并在父母本中表现出多态性。采用KASP(Kompetitive Allele Specific PCR)基因分型技术进行检验,有13个SNP位点成功分型,其中1 1个位点在验证抗ISKNV相关性的300尾翘嘴鳜群体(150尾抗ISKNV,150尾易感)中表现出多态性;9个位点在验证抗ISKNV相关性的300尾翘嘴鳜群体中表现出多态性。经过统计学分析发现:Marker23012-2、Marker23657-1 和 Marker72680 与抗 ISKNV 性状极显著相关(p<0.01),Marker28932位点的等位基因频率与抗ISKNV性状显著相关(p<0.05);Marker23657-1 位点与体重极显著相关(p<0.01),Marker23012-2 位点和体重极显著相关(p<0.01),与体长显著相关(p<0.05)。这些SNP标记可以为翘嘴鳜的分子标记辅助育种工作提供一定的基础。另外,为了在无参考基因组条件下,在翘嘴鳜连锁图谱上进一步挖掘与经济性状相关的候选基因,将ISKNV刺激下筛选获得的大批量全长转录组差异表达基因的序列信息与遗传连锁图谱QTL区间的标签序列信息进行blast比对分析,结果显示:有273个差异表达基因定位在QTL区间的10个Marker上,其中,有13个差异表达基因定位在抗ISKNV性状相关QTL区间中的Marker65999和Marker52563位点上,这为翘嘴鳜抗ISKNV的分子标记开发和抗ISKNV选育提供了有价值的信息。