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本研究运用纯培养技术结合16S rRNA基因序列分析方法对采集自内蒙古锡林郭勒牧区的36份健康家畜(牛、马、山羊、绵羊)粪便样品中的微生物进行了分离鉴定,利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术和实时荧光定量PCR(qPCR)技术对肠道微生物的多样性和数量进行了分析比较,以期为促进牧区家畜肠道有益菌的开发和筛选奠定基础。试验结果如下：1.结合形态学观察法,采用改良MRS培养基对肠道细菌进行分离,共获得179株细菌纯培养物。运用16S rRNA基因序列分析技术将所有分离株分类鉴定到了14个属,32个种,包括乳杆菌属、丙酸菌属、链球菌属、埃希氏杆菌属、葡萄球菌属、拟杆菌属、放线菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、肠球菌属、双歧杆菌属、肠杆菌属、克吕沃氏菌属和瘤胃球菌属。此外,从微生物多样性来看,牛样品中的分离株主要集中于厚壁菌门(61.4%)、变形菌门(25.0%)和放线菌门(11.4%)；马样品中的分离株主要集中于厚壁菌门(87.2%)和拟杆菌门(10.3%);山羊和绵羊样品的分离株主要集中在厚壁菌门(61.5%)和放线菌门(32.3%)。2.运用PCR-DGGE技术研究家畜肠道菌群及乳杆菌属的多样性,结果表明不同家畜肠道菌群及乳杆菌属构成存在差异,且组内样品间也存在一定差异。牛肠道内的菌群多样性较高,其次为绵羊和山羊,马肠道内的菌群多样性较低,主要的差异性菌种有巨大芽孢杆菌、维氏气单胞菌、小韦荣球菌、施氏葡萄球菌和拉托氏假单胞杆菌等。此外,相较于马和山羊肠道内乳杆菌属的多样性,绵羊肠道内的较高,牛的较低,主要差异性菌种为嗜酸乳杆菌、L. kitasatonis、L.pontis、 L. taiwanensis、L. equi、发酵乳杆菌或阴道乳杆菌。3.运用qPCR技术研究家畜肠道优势菌群的数量,结果表明：对于乳杆菌和拟球梭菌,山羊、绵羊和马肠道内的数量显著高于牛,而它们三者之间无显著差异；对于脱硫弧菌,四种家畜肠道内的数量相当；对于巨型球菌,绵羊肠道内的数量显著高于牛和马,而山羊与其他三组之间无显著性差异；对于双歧杆菌和瘤胃球菌,山羊肠道内的数量高于牛和马,而绵羊与其他三组之间无显著性差异；对于密螺旋体,马肠道内的数量略高于其他样品。特别地,比较家畜肠道内各优势菌群的数量,发现乳杆菌和双歧杆菌均低于其他5种优势菌群。