细胞粘附分子群相互作用网络模型研究

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整联蛋白属于细胞粘附分子5大家族中的整合素超家族,其在细胞吸附、迁移、细胞骨架的构成以及细胞间信号的传递方面发挥着重要的作用。目前发现的整联蛋白共有156种,这些整联蛋白通过690个相互间的反应构成整联蛋白粘合体,其中包括90种粘合体内部成份,以及66种为粘合体关联成份。不过,所谓的粘合体内部成份、粘合体外部成份或者整联蛋白联合体,这些定义均是为了让我们在区分这些分子及它们间的反应时更清晰和方便,才引入的人为的定义。相互作用网络可视化软件Cytoscape提供了一种对该粘合体156种成份及相互间的690个反应可视化研究的方式,而网络分析软件network analyser,更可以给出该网络的分析结果,这有助于我们在原始数据的基础上更好的认识这一复杂的作用网络的相关信息。我们通过使用可视化的软件以及相关的可视化的语言进行文本编辑,实现了156种整联蛋白的可视化,并通过改变条件,得到了不同情况的可视化效果,使我们对整联蛋白有了更深刻的认识。在众多的Cytoscape网络分析插件中,我们选择了NetworkAnalyzer这一分析软件,NetworkAnalyzer是专为Cytoscape开发的分析插件,但是它不能单独运行。NetworkAnalyzer分析的网络参数主要包括有网络直径、平均反应数目、连通分支数目、平均集聚系数、平均路径长度等以及部分参数的分布图。关于网络和节点的很多参数的分析结果,显示了该整联蛋白粘合体网络是一种平均路径较小、节点度差异很大、网络连接密度较小的网络,这些对于该整联蛋白粘合体网络的后续研究有很好的导向作用。
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