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水稻籼粳亚种间杂交衍生系谱是三明市农科所历时21年、4个选育阶段、涉及9个亲本和14个衍生品系而创制的，揭示其遗传基础，为培育实用型强优势籼粳亚种间杂交稻提供科学依据。本文采用分布于水稻全基因组上的130个SSR标记结合系谱追踪等位变异法，探讨了该系谱的遗传多样性及亲缘关系。主要结果如下：
1、219对SSR引物中具有明显多态性且带型稳定的有130对。130对引物共扩增出390个等位基因，每对引物均能扩增出2～8个等位基因，平均为3个。其中，有效等位基因有292.38个，占总多态性位点的74.97％；位点多态性信息量(PIC)平均为0.504。表明所选用的130个SSR标记能够准确地反映研究材料间的遗传差异。
2、水稻籼粳亚种间杂交衍生系遗传贡献率分析表明，明恢72、02428、嘉南粳和Ketan Nangka祖先亲本对衍生后代平均遗传贡献率分别为18.97％、12.03％、6.28％、5.58％；随着衍生世代的递增，遗传贡献率逐渐下降；对各衍生世代的遗传贡献率均以明恢72>02428>嘉南粳>Ketan Na-ngka。其中，对衍生一代92gk729的遗传贡献率分别为34.04％、24.17％、20.83％、14.04％；对衍生四代品系的总遗传贡献率的幅度为30.77％～46.15％。直接亲本97gk1037和20gk719对衍生四代品系的总遗传贡献率的幅度为56.92％～84.62％；其中，97gk1037对衍生四代品系的平均遗传贡献率和遗传位点数分别为32.15％和63.7；20gk719对衍生四代品系的平均遗传贡献率和遗传位点数分别为38.62％和70.1。五个中间亲本对各衍生后代品系的总遗传贡献率的幅度为36.87％～64.49％；每个中间亲本对各衍生后代品系的平均遗传贡献率大小依次为WJ413>华明921>多系1号>超引1号和47粳。
3、SSR聚类分析表明，将23份亲本和衍生系划分为粳型、偏粳型、偏籼型和籼型四大类群，属于粳型的有嘉南粳、02428、Ketan Nangka和超引1号等4个；属于偏粳型的有92gk729、20gk719和47粳3个；属于偏籼型的有97gk419、97gk1037、明恢502、明恢509、明恢503、明恢507、明恢511、明恢512、明恢504、明恢506、WJ413和华明921等12个；属于籼型的有明恢72、多系1号、明恢513和明恢514等4个。聚类结果能较好地反映出供试材料间的遗传背景及其籼粳属性。
4、用Neighbour-joining结合Model-base方法分析了水稻籼粳亚种间杂交衍生系的遗传结构，可将23份供试材料划分为3组，Ⅰ组中包含4个祖先和中间亲本及衍生一代，Ⅱ组中包含来源于同一杂交组合的水稻籼粳杂交衍生系；Ⅲ组中带有明恢63血缘的亲本及衍生系。祖先亲本与各衍生世代的遗传分化随着世代的增加而逐渐明显，反映了水稻籼粳杂交衍生系在遗传改良过程中，遗传成分逐渐趋于籼稻类型。
5、水稻籼粳亚种间衍生系的遗传多样性分析表明，反映遗传多样性大小的多态性位点数、多态性位点百分率(PPB)、等位基因观察值(Na)、等位基因有效值(Ne)、稀有等位基因数(Nr)、特有等位基因数(Ns)、平均Nei遗传多样性指数(H)等7个指标，亲本均大于衍生系；四种不同籼粳分化类型的遗传多样性水平在多数指标中表现为偏籼型>粳型>偏粳型>籼型。粳型与籼型的遗传分化系数最大，遗传距离最远；偏籼型与籼型的遗传分化系数最小，遗传距离最近；偏粳型与籼型、粳型与偏粳型、粳型与偏籼型的遗传分化程度居中；偏粳型与偏籼型的遗传分化程度较小。