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随着生物数据的增长，利用计算机处理，分析和存储浩如烟海的生物数据已经成为一种趋势，从原始的序列分析逐渐发展到包含基因组学，基因表达研究学、和结构生物学的科学。MADS-box基因是真核生物中一类重要的转录调控因子，参与植物花器官的发育和开花时间的调节，在植物的生长发育中扮演重要角色。目前，拟南芥，水稻，毛果杨等植物关于MADS-box基因的研究已经发表，而西瓜中只有部分克隆的MADS-box基因的研究，在全基因组层次的研究至今没有。并且西瓜的种植面积和产量居高，是世界最受欢迎的新鲜水果之一，具有重要的经济价值。因此，展开西瓜MADS-box基因的研究是非常有意义的。 植物中MADS-box基因的预测，验证，分类和进化关系研究需要多种算法参与，本课题通过多算法协同（马尔可夫模型，多序列渐进比对算法，邻近法，泊松模型）研究MADS-box基因，包括:基因的预测，验证，分类;探索不同类别MADS-box基因在结构，位置和表达模式上的差异。本文的主要内容如下: (1)以西瓜基因组数据为材料，通过多算法协同鉴定出39个非冗余MADS-box基因，通过系统进化分析将其分为Ⅰ类（11个）和Ⅱ类（28个）。同时，根据分类信息研究不同类别的MADS-box基因在结构，保守基序，染色体定位的异同，以及在不同组织的表达情况，Ka/Ks计算和分化时间估计上的探索。结果显示Ⅰ类和Ⅱ类MADS-box基因均包含一个保守功能基序但在基因数目，结构和染色体分布上也均有差异。Ⅰ类基因数目较少，结构相对简单，零星分布在几条染色体;Ⅱ类基因数目较多，结构相对复杂，几乎遍布整个染色体组。 (2)参考西瓜全基因组MADS-box基因分析思路，基于多算法协同设计一套MADS-box基因家族分析流程，适用于其他植物在全基因组层次MADS-box基因家族分析。包括分析流程的设计原则和架构;流程的需求（参考物种的选择，数据的收集，分析软件和算法的确定）以及分析流程输入输出的详细界面介绍等。 本研究旨在通过多算法协同研究西瓜基因组MADS-box基因，确定MADS-box基因家族的数目、分类和进化关系;位置信息、基因结构和保守基序等。参考西瓜MADS-box基因家族的分析思路，设计一套适合其他植物在全基因组层次MADS-box基因家族分析的流程，为研究植物MADS-box基因提供了一个行之有效的方法，有利于探索不同物种MADS-box基因的异同和进化关系的研究。