猪是我国主要肉用家畜。过去，育种上过分强调猪的瘦肉率，以及外来瘦肉型（或肉用型）品种的引入，造成目前肉用家畜肉质下降。脂肪沉积与肉用家畜的肉产量和质量密切相关，尤其是脂肪沉积速度和分布影响胴体瘦肉率和肉质。所以，保持肉用家畜肌肉较快生长速度的同时，降低皮下脂肪和腹部脂肪的沉积量，增加肌间脂肪沉积量，是提高瘦肉率和肉质的关键，也是肉用家畜育种改良的追求目标。现代分子生物学研究证明，脂肪细胞的发育学过程受一些关键基因调控。本研究根据品种间脂肪沉积特征的差异，结合肉质评价标准，收集150日龄的中国地方品种太湖猪和国外引进品种长白猪，利用高通量测序技术检测不同品种间脂肪组织的基因表达谱，筛选差异表达基因，确定调控脂肪沉积的关键基因。为肉用家畜肉质性状转基因育种提供充足的基因来源；缩小我国同国外畜牧业发展水平差距；提升我国肉用家畜育种竞争力；为高效优质的肉用家畜生产奠定坚实基础。主要研究结果如下：通过Solexa测序得到不同猪种的各脂肪组织的总Ta（g碱基序列）数均接近600万个。通过比对分析，得出太湖猪皮下脂肪与长白猪皮下脂肪的差异表达基因共有1961个：上调基因1279个，下调基因682个；其中基因差异表达量上调10倍以上的基因6个，基因差异表达量下调10倍以上的基因4个；766个差异基因在GO（Gene Ontology）分析中得到注释，并有15个基因在PPAR（过氧化物酶增殖物激活受体）通路和脂肪酸代谢通路中得到注释。在太湖猪肌间脂肪与长白猪肌间脂肪中差异表达基因有1219个：上调基因563个，下调基因656个；其中基因差异表达量上调10倍以上的基因为4个，基因差异表达量下调10倍以上的基因为8个；490个差异基因在GO分析中得到注释，在PPAR通路和脂肪酸代谢通路中的差异表达基因有12个。通过上述结果，本研究初步筛选出一些新的猪脂肪沉积相关的候选基因共4个。其中在皮下脂肪中，与脂肪沉积相关基因3个，分别为ACADL、ALDH2、ACADM；肌间脂肪中与脂肪沉积相关的基因为RXRG。