我国食品监管渎职犯罪存在危害后果严重、与贪污贿赂罪相交叉、司法查办困难、多“窝案”、“串案”等特点,司法实践中查办难度极大。犯罪主体司法认定困难,“国家机关工作人员”概念的使用,缺乏整体衔接,国家工作人员的认定举步维艰。该罪主体要以具有相应监管义务作为前提,我国监管机关权责交叉,导致无论是“公务论”或者“身份伦”都难以落实。食品监管渎职罪将两种不同罪状规定于同一罪名中,导致理论界与实务界对该罪主观罪过形态争议不断,主观罪过理论的混乱,给司法实践中该罪的主观认定带来的极大的困难,有些地区在主观罪过难以证明或证据不足的情况下,忽视主观罪过,直接进行定罪量刑,严重违反了我国主客观相一致的立场。适用监督过失原则,无需证明行为人对危害结果的发生是否具有可预见性,仅以监管人员是否正确履行职责,防止被监管的食品生产经营者违规生产,避免食品安全事故发生,作为认定过失的标准,减轻司法实践中行为人对于危害结果“预见”的证明难度。食品监管渎职罪以“重大食品安全事故”或“其他严重后果”的发生作为构成本罪的条件。但关于什么是“重大食品安全事故”,法律没有明确界定其标准,最高司法机关也未发布相应司法解释。食品安全事故的发生,是一个发展持续的过程,而并非静止不动。损害结果也会随着时间的推移不断发生变化,因此对于食品安全事故的认定时限就十分重要,认定时间过早可能导致危害结果仍未完全显现,导致轻纵犯罪的现象发生,若规定的过晚则不利于侦查机关的介入取证,不利于打击犯罪。我国法律条文中并未对危害结果认定时间进行相关规定,司法实践中对重大安全事故的认定时间各不相同,学界对其更是争论不休,严重影响了该罪的认定。食品对于人体的危害是渐进性、累积性的过程,不会立即显现,往往需要经过很长的时间,在这种情况下判断国家公务人员的渎职行为与消费者人身健康损害之间的因果关系就极为困难。在当前各地区技术水平参差不齐的情况下,因果关系证据固定更为困难。认为应当引入疫学因果关系理论。采用“三元说”将质与量在一定程度统一,对损害程度进行计算。完善有奖检举制度,对举报信息真实,并通过该信息成功查处食品监管渎职案件的举报人给予奖励,并对举报人个人信息进行封存,防止犯罪嫌疑人事后报复。