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土壤微生物是土壤分解系统的基本组成部分,在土壤形成、生态系统的生物地球化学循环等方面具有重要作用。传统的分离培养和鉴定方法只能获得1%左右的微生物群落特征,难以深入了解土壤微生物生态学特性、多样性组成等方面信息。近年来,分子生物学技术迅猛发展,并被运用到土壤微生物多样性研究中,使得在DNA分子水平上探讨土壤微生物群落结构、生态系统功能和环境效应成为可能。
我国北方黄土高原广泛发育风成的黄土-古土壤序列,被认为是记录晚第三纪以来古气候与古环境变迁的良好陆上地质载体,与深海沉积和极地冰芯并称为过去全球变化研究的三大档案库。以往研究多侧重于黄土物质的物理和化学特征,而对其中的微生物研究却十分薄弱。黄土实质是一种埋藏的古代土壤,在其风化成壤过程中,微生物必定起了不可忽略的重要作用。黄土微生物多样性的研究将有助于了解黄土中微生物资源,为黄土古环境研究提供新视角。
本研究对黄土高原西峰、洛川、渭南、董湾和段家坡地区的黄土样品,采用DNA提取和纯化、PCR、DGGE、16S rDNA克隆文库等分子生物学方法,开展了黄土细菌群落多样性研究,主要结果如下:
1.首次构建了西峰黄土细菌16S rDNA文库,获得了44种不同基因型的16SrDNA序列,分属于13个细菌类群:变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)疣微菌门(Verrucomicrobia)、浮霉菌门(Planctomycetes)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、异常球菌-栖热菌(Deinococcus-Thermus)、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)、蓝细菌门(Cycanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和Candidatedivision TG1,表明黄土具有丰富的微生物资源。
2.发现黄土中酸杆菌门为第一优势类群,包含了17个基因型,65个克隆(43.3%),大多为未发现的不可培养的基因类型;变形菌门为第二优势类群,包含了13个基因型,40个克隆(26.7%)。这两类细菌类群占黄土细菌总体的70%。目前它们的功能和环境指示意义尚待进一步研究。
3.对西峰黄土不同深度样品的PCR-DGGE图谱分析表明,0~12m范围内的26个样品可分为两大类群(Ⅰ和Ⅱ),其中细菌类群I除了上部3m以内样品而外,其余均出现在黄土/古土壤的分界面附近;此外,剖面中Shannon指数的变化形式与黄土样品平均粒径具有相似性,而与磁化率的关系不显著,可能指示黄土细菌多样性受到粒度的影响。
4.对黄土高原五个地区黄土细菌群落结构分析表明,西峰、洛川及渭南三个地区的Shanno-Wiener值明显高于董湾和段家坡地区,并且洛川和渭南细菌群落结构相接近,可归为一组,而董湾和段家坡则归为另一组。推测其原因可能是由于土壤母质或者气候环境存在差异。