科研是我国高校的一项重要职能。随着我国高等教育的快速发展和科研投入的不断增加，高校科研经费使用的公平、公开、透明问题逐渐成为社会关注的热点。随着我国法治进程的推进和反腐倡廉工作的深入，高校科研经费管理成为高校预防腐败和廉政工作的重点，如何防范高校科研经费违法违规滥用对依法治校工作的推进有重大意义。尤其是近年来中央巡视组视察高校期间发现的一系列科研经费管理问题，将高校科研经费管理再次推向舆论的风口浪尖，同时也引起了学界的思考。制定完善的法律法规体系和高校科研经费管理制度，成为构建现代法治高校的迫切愿望。　　本文从法治角度入手，通过对大量数据、文献和案例的分析，针对我国科研资源配置不合理，以及在高校科研经费实际管理过程中仍然存在的科研经费预算制度缺乏科学性、执行随意性强、绩效评价缺失、监督不严格等问题，分析其产生的原因——法治观念淡薄、法律法规缺失、高校科研经费管理制度不完善、高校科研经费管理忽视高校科研间接成本研究等，并结合美国、德国和日本三个国家在高校科研经费管理方面的成功经验，对我国高校科研经费管理制度的完善提出了以下建议:增强法治观念，加强高校科研经费管理的法制建设;优化顶层设计以便合理地在地区、高校之间以及高校内部配置科研资源;研究与中国高校科研发展相适应的高校科研间接成本分担方法;结合大学章程完善高校科研经费管理制度;建立科研咨询服务体系和科研信息共享平台以改善对高校科研经费的监督;促进高校与科研人员的良性互动，构建和谐的高校科研氛围。希望这些建议有益于促进我国高校科研经费管理的发展。