近年来，中央财政为农业科技发展不断“输血”，2012年农业科研机构R&D经费内部支出的政府资金达到92亿元，相比2009年增长了61％。持续增长的投入为农业科技进步起到了显著的推动作用，但是并没有彻底改变我国农业科技核心竞争力不足的局面，我国的农业科技进步贡献率与发达国家相比仍有较大差距。巨大投入下的科技产出不尽人意，究其原因，这与“重立项、轻研究”、“高耗低产”等科研现象有关。如何提高资金使用效率和科技产出质量成为理论界和相关职能部门共同关注的问题。因此，以绩效评价为手段，探析农业科技财政专项资金绩效的影响因素，对加强专项资金管理、增强农业科技创新能力有重要意义。　　本文以农业行业的财政科技专项资金为对象，主要研究了两部分内容:一是农业科技财政专项资金的绩效评价，包括构建绩效评价指标体系和绩效评价模型，并对2008-2010年江苏省农业科技自主创新资金的55个专项进行了实证研究;二是农业科技财政专项资金绩效的影响因素分析，在绩效评价结果基础上深化研究，从科技投入、项目负责人特征、科研团队特征和依托单位特征四个方面，分析江苏省农业科技自主创新资金绩效的影响因素。　　在对江苏省农业科技自主创新资金绩效评价和影响因素分析的实证研究中，有以下结论:2008-2010年的自主创新资金绩效水平呈U型趋势。目标绩效的三个主要构成中，管理效率较高，科研产出水平一般，社会经济效益相对较低。进一步研究绩效的影响因素，科学研究活动直接投入与专项绩效正相关。项目负责人特征中，具有海外背景负责人承担的专项绩效较高;科研团队特征中，团队规模与专项绩效正相关，团队专业构成与专项绩效负相关。依托单位特征中，项目参与单位数量与专项绩效负相关，农业科研院所承担的专项绩效明显高于其他单位。　　基于以上结论和分析，本文提出了相关的对策建议:(1)增加科学研究活动直接投入，提高专项支出质量;(2)健全人才引进和培养机制，为农业科技发展引进智力;(3)提高科研团队综合研究能力，增强核心竞争力;(4)优选项目负责单位，合理配置参与单位组合。