为了防止越来越多的“公地悲剧”产生,我国结合实际,在时代大潮之下对民事诉讼制度进行改革创新,建立起了民事公益诉讼制度。特别是检察环境民事公益诉讼取得了可喜的成绩,走出了中国特色环境保护之路。但同时,检察机关在环境民事公益诉讼中由于自身能力不足、环境诉讼复杂以及制度保障不足,在证据收集上仍然存在诸多困境。尤其是强制性调查取证权的缺失,不仅使检察机关在环境民事公益诉讼中无法充分行使检察职权,更未能充分展现出检察环境民事公益诉讼的制度优势。我国目前仍不完善的文书提出命令制度难以应对环境诉讼中的证据偏在难题,故检察机关在环境民事公益诉讼中出现了无法提供关键性证据的尴尬局面,甚至需要工作人员装扮成行政执法人员去接触和收集关键性书证物证。而扩大文书外延范围,尤其是在维护公共利益的基础上,突破与义务人有关的个人秘密及商业秘密限制,可以适当平衡证据偏在问题。乘着国家机构改革之风,在最高人民检察院示范下,检察机关内部设置公益诉讼检察部门负责公益诉讼,在体现法治化、专门化的同时也提高了案件办理效率。鉴定难一直是环境公益诉讼中的难题,而鉴定结果又对案件审判至关重要,甚至起到决定性作用。建立公益性鉴定机构并设置鉴定技术专家库,既解决鉴定难问题又可保证鉴定的公平公正,是一项创新之举。完善检察机关在环境民事公益诉讼中证据收集制度,需明确检察机关在证据收集中所需遵循的原则。依法取证原则是最基本的原则。由于环境案件复杂,检察机关为尽心尽力履行好职责,总是竭力收集全面的证据。在符合证明标准的情况下,强调收集必要证据原则是公平与效率并重的取证原则。群众是历史的创造者,群众总是充满力量与智慧。紧密联系群众,依靠群众的力量收集案件线索与证据,发挥群众的积极作用,在扩大案件线索来源的同时也加深了人民群众对检察机关和环境民事公益诉讼的了解。在司法实践中,检察环境民事公益诉讼中检察机关败诉的案子不多见,但并不意味检察机关在环境民事公益诉讼中的取证制度多么完美。事实上,检察机关实践中的做法往往与法律规定存在错位。对检察机关在环境民事公益诉讼中证据收集问题进行研究与探讨,对完善公益诉讼制度有着一定的促进作用。