SaaS(Software as a Service,软件即服务)模式是一种新型的软件提供方式，它的出现为中医科研管理系统提供了一种的新的运营模式。目前国内的中医科研管理很多还是以人工管理为主，信息化程度极其低下。中医科研管理信息化难以推进，主要是面临软硬件购买及维护成本过高的问题。而新兴的SaaS软件服务模式通过离散的软件买断模式转化为集中的软件租用模式，从而为企业同时降低一次性软硬件投资成本及维护成本提供了可能。但正当软件服务提供商们准备利用现有的系统提供SaaS模式的软件时，却发现了一系列问题，如多系统界面、多数据结构、多处理流程等等，均无法满足SaaS软件服务模式的需要，需要重新架构系统。　　 本文以中医科研管理系统开发为背景，从之前开发的中医科研管理系统中，抽象系统的模型，从而探讨SaaS模式下中医科研管理系统的软件架构的分析与设计。在研究过程中，分析了适合SaaS模式的应用架构，分析和设计出适合中医科研管理系统的SaaS模式平台。其中，着重分析系统的项目管理子系统的概念模型、用例模型、活动模型；立足于对象结构模型与交互模型进行系统分析与设计；同时分析和设计了工作流环节处理。　　 首先引入SaaS模式，介绍其涵义、服务特点、服务运营的优劣特点以及其发展趋势展望。分析SaaS模式的应用成熟度模型。　　 其次分析总结以前设计的中医科研管理系统，从中提炼出共同的体系结构模型。并且对科研管理重要组成部分进行剖析，为设计SaaS模式的科研管理系统提供理论支撑。　　 接着根据SaaS模式的第三成熟度模型设计出符合SaaS模式的第三成熟模型—可定制性与多租户的中医科研管理系统的体系结构。针对体系结构的每—部分进行设计，一一映射到系统的数据存储结构模型。　　 最后重点分析和设计SaaS模式中医科研管理系统平台。从业务模型分析到领域模型分析，从领域模型分析到领域模型设计等进行了详细的论述。着重以项目管理子系统为例。给出系统的实现和压力测试的结果。