基于纯培养和免培养技术研究不同来源沙漠样品原核微生物多样性

来源 :云南大学 | 被引量 : 3次 | 上传用户:zhangchaoyi222
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干旱地区尤其炎热沙漠由于其恶劣的环境条件如昼夜温差大、含水量少等,生物的生存受到很大的限制。这些极端环境会影响沙漠中的微生物群落。在本研究中,我们描述了来自四个不同沙漠环境的微生物多样性,包括Cholistan沙漠(巴基斯坦)、Thal沙漠、Yan bu’a丨Bahr沙漠(沙特阿拉伯),Taklimakan沙漠(中国)四个沙漠地区。这些沙漠为生物多样性的研究报告通过纯培养和免培养(宏基因组分析)进行调查研究。在纯培养方法中,425个细菌被分离鉴定。在这些沙漠中,Cholistan沙漠主要的细菌优势菌群为Actinobacteria(20 个属,62.5%),其次是 Proteobacteria(8 个属,25%),其他的门包括 Firmicutes(2 个属,6.25%)、Bacteroidetes(1 个属,3.125%)和Deinococcus(1个属,3.125%)。Thal沙漠主要的细菌优势菌群为Actinobecteria和proteobecteria(每个包含15个属),其次是Firmicutes(4个属)和Bacteroidetes(1个属)。Yanbu’ al Bahr沙漠包括5个不同的门:Actinobacteria(14 个属,40%)、Proteobbacteria(12 个属,34.28%)、Firmicutes(6 个属,17.14%)、Bacteroidetes(2 个属,5.71%)和 Deinococcus(1个属,2.80%)。Taklimakan沙漠样品分析发现,这个沙漠是包括4个门,分别为Actino acteria(9 个属,42.85%)、Proteobacteria(9个属,42.85%)、Firmicutes(2个属,9.5%)and Bacteroidetes(1个属,4.7%)。免培养研究(宏基因组分析)分别调查了这四个沙漠的细菌多样性。我们测试了 24个不同的沙漠样点:7个Cholistan沙漠样点、7个Thal沙漠样点、7个Yan bu’al Bahr沙漠样点和3个Taklimakan沙漠样点。对细菌群落的测定用焦磷酸测序的PCR扩增16S rDNA基因,V1-V3区提取总DNA,揭示和比较样品的细菌种群多样性。结果显示,使用≥97%的序列相似性水平计算在24个样品中共有115725个OTUs。结果显示,Cholistan沙漠包括49476个OTUs,thal沙漠包括53155个OTUs,Yanbu’al Bahr沙漠包括11070 个 OTUs,Taklimakan 沙漠包括 2024 个 OTUs。Cholistan 沙漠 Chao 指数分析变化区间为8667-36097,thal沙漠Chao指数分析变化区间为10600-42148,Yan bu’ al Bahr 沙漠为 10600-42148,Taklimakan 沙漠为 1458-1772。OTUs数值分析发现,在门水平上,作为24个样品的对应的平均值Proteobacteria,(49.7%),Actinobacteria(18.8%),Firmicutes(8.8%),Chlorfolexi(3.1%),Bacteroidetes(4.2%)Planctomycetes(3.5%),Deinococuse Thermus(2.1%),Acidobacteri(2.9%)and Gemmatimonadete(0.6%)。在荒漠土壤中发现其种群与环境因子(包括有机质的pH和浓度)显著相关。这一工作展示了四个沙漠环境在沙漠土质上可生存容纳的微生物群落多样性。我们的研究同时也表明了不同方法的结合可获取更多完整互补的信息的可能性,从而在沙漠中获取更准确的微生物群落多样性信息。
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