基于小波变换的基因预测算法研究

来源 :江苏科技大学 | 被引量 : 2次 | 上传用户:aqcnbbz1
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
科技的飞速发展使得生物信息学被人们广泛关注,随着人类基因组测序的完成,生物信息学迎来了它的新篇章。从测序工作中得到的海量的DNA序列数据亟待分析、处理。目前常用的预测方法之一是将信号处理的方法应用到基因序列的生物特性中,根据基因序列编码区的周期特性来预测序列中的外显子。本文在前人的基础上,探讨了不同物种的最佳阈值选取,通过小波变换的方法保证了模型的独立性,旨在提高外显子的预测精度。本文主要研究了生物信息学领域的基因外显子预测问题。根据DNA预测的原理和基本模型,介绍了预测过程中常用的谱分析方法,离散傅里叶变换,短时傅里叶变换,Gabor变换以及小波变换,并给出了几种变换方法的演变过程以及各自的优缺点。结合当前滑动窗检测中存在的缺点和不足,给出了本文的核心观点一一基于小波变换的基因预测模型。首先,本文介绍了生物信息学领域的相关背景知识,介绍了基因预测的研究现状及研究意义。继而介绍了DNA序列检测的基本原理,给出了几种序列的数值映射方法,并对编码区的周期三特性作了说明。周期三特性作为文章研究的分类基础,在探讨如何界定分类阈值的基础上,给出了常用的时域和频域特征提取方法,在时域的特征提取中,对反陷波滤波器的特性和优势进行了说明,并给出了一种功率谱提取的快速算法——基于时域抽取(DIT)的快速Hartley变换算法。频域的特征提取中,给出了三种映射条件下功率谱与信噪比的计算,并对三种方法进行了分析比较。最后,本文探讨了阈值的确定方法和实验结果分析。以哺乳动物为例,给出了人类和鼠类的阈值确定。同时,对文章中用到的基于小波变换的基因预测模型进行实验结果分析。本文用到了ROC曲线对方案进行评估,采用大量的数据来支撑前文提出的观点。总之,通过小波变换的方法保证了模型的独立性,并由试验结果证明了该模型在提高预测精度上的有效性。
其他文献
为研究干旱区荒漠植物水分来源及水分利用的相互影响特征,2016年5月选取古尔班通古特沙漠南缘建群种梭梭(Haloxylon ammodendron)及群落中优势草本植物沙漠绢蒿(Seriphidium san
战争隐喻概念是把战争中关于敌我之间的利害、矛盾和冲突等事物的特性投射到类似特征的相关事情的概念域之上;尽管战争隐喻概念中不乏勇敢、忠诚、奉献等美好的形象,但在政治、
目的观察PDCA循环法在肾病科实习医师临床带教的应用效果。方法选取2018年1-9月在肾病科轮转的实习医师76名,分为观察组和对照组,观察组予PDCA循环法带教,对照组予传统教学法
结合工作经验,对常用的各种防渗处理方式、方法进行总结整理,并结合小型水利水电枢纽工程的现状提出当前适用性较高的防渗方法。
今年的"两会"在全球金融危机的背景下召开。在扩内需、保增长、调结构的形势下,如何保障项目落地、坚守耕地红线、稳定地产市场等,成为"两会"代表委员关注和议论的热点问题之
荀子激烈批评思孟"五行"说的原因学界有过多种看法,而其深层、根本的原因却在于在荀子和思孟之间存在思维和哲学基础的根本差异,荀子所持有的是形而上学的二元论,而思孟"五行"说
基于目前高速公路隧道工程在复杂地质环境中进行施工建设过程出现的问题影响,以清镇至织金公路项目为例,分析了其隧道结构所处的运行环境特性,并提出了构建高速公路隧道运行环境
本文详细介绍了皋兰县冬季大棚韭黄栽培技术,包括品种选择、种子处理、育苗、播种方式、田间管理、病虫害防治、适时收获等内容,以期为皋兰县冬季大棚韭黄生产提供技术参考。
阐述了光电计数器在包装线上的应用,同时对其配置作了介绍。