国家基本药物制度是一项旨在促进基层医疗机构合理用药、减轻群众医药费用负担的重要措施，该制度实施以后，基层医疗机构原有的“以药养医”模式得以改变，业务收支和运行状况发生变化，部分基层医疗机构出现政策性亏损，对基层医疗机构的运行产生影响，运行效率也随之变化。在此背景下，国家相继出台的政策文件也对提高基层医疗机构运行效率和服务能力提出了明确要求。　　本文界定了基层医疗机构、国家基本药物制度、基层医疗机构运行效率和全要素生产率的概念，阐述了数据包络理论、技术效率理论和资源配置理论。利用DEA-Malmquist指数分析法，以财政和医保投入、固定资产总额、医务人员数量为投入指标，以业务收入、门诊人次数、出院人次数为产出指标，对基本药物制度实施前后镇江市丹徒区基层医疗机构的运行效率进行分析。研究发现：（1）在基本药物制度实施以后，镇江市丹徒区基层医疗机构的运行效率总体呈下降趋势；（2）运行效率上升的机构逐渐增多，但能保持运行效率稳定的机构较少；（3）技术进步指数是影响基层医疗机构运行效率的重要因素，规模效率指数和纯技术效率指数有较大的提升空间。　　利用面板数据固定效应模型对基层医疗机构运行效率影响因素进行分析，发现次均门诊费用、次均住院费用和固定资产总额与运行效率相关。在此基础上，提出提高基层医疗机构运行效率的建议，如进一步规范医疗服务价格，调整业务收支结构、完善绩效工资制度，提高基层卫技人员的医疗水平，控制固定资产总额等。