世界贸易组织框（WTO）架下的多边贸易谈判过程往往十分漫长,且难以达成共识,自20世纪90年代以来,很多国家开始了积极探索区域经济合作,区域贸易协定的签订数量增长迅速。我国不仅积极融入多边贸易体系,同时积极与各方进行自由贸易协定的谈判。水产品是国际化程度最高的初级农产品之一。我国是第一大水产品出口国,第三大进口国,进出口受自由贸易协定条款影响较大。随着水产品进口关税的不断降低接近于0,非关税措施往往成为阻碍水产品跨国流通的重要因素。其中,技术性贸易壁垒（TBT）与卫生和植物卫生措施（SPS）被认为是阻碍水产品流通的最重要措施,如何达成更加高效透明的TBT和SPS条款,成为促进水产品流通的重要问题。一方面,随着水产品质量安全问题愈加受到重视,国家对水产品的质量要求更严,标准化要求更高;另一方面,则是对于贸易效率和公平的考虑。相较于WTO框架下的无差别政策,双边及多边自贸协定在规则制定上拥有更高的自由度,可以根据各国经济发展水平、技术水平和制度水平的不同,更好地商定更加适宜的条款。鉴于此,本论文在梳理我国进出口水产品贸易和签订的自贸协定的基础上,分析了贸易中的水产品安全问题以及在TBT和SPS措施下我国出口水产品受阻和其他国家进口到我国水产品的受阻情况。接着横向比较分析我国签订的自贸协定中与水产品贸易较为相关的TBT和SPS条款,分析不同TBT和SPS条款对水产品贸易的影响。从政府的立法与执行层面以及如何改进自贸协定中TBT和SPS条款提出对策和建议,政府层面包括:完善水产品质量安全相关法律法规和标准、严格出口与进口水产品的监管、推进技术进步、注重人才培养、建立水产品进出口指导性网站、加强与其他国家的交流合作;优化TBT和SPS条款的建议具体包括:在条款中纳入关于合格评定程序结果互认的规定、加强透明度条款的细致程度、在进口检查条款中加入一定限制并写入更多可执行性合作规定、在合作条款中根据缔约方情况列出重点领域、对WTO的TBT/SPS协定中部分条款进行修改后并入。通过充分发挥政府职能,能够提升出口水产品的合规性,加强并优化对进口水产品的监管,提升水产品的安全性和流动效率;构建更好的TBT/SPS条款,我国将能够通过自贸协定加强与其他国家或地区之间在水产品贸易方面的合作,既能够帮助保证进出口水产品的安全性,又能够最大可能地减少其可能带来的贸易壁垒。