目的 将先进的生物技术与指纹图谱新思路相结合，提出“中药电泳指纹图谱”新理念，创建新方法，为解决目前中药品种分类、鉴定及内在质量评价中的难题开辟新途径。 方法 实验对百余种中药进行了蛋白质电泳(Pro-PAGE)、过氧化物酶同工酶电泳(POD-PAGE)和酯酶同工酶电泳(EST-PAGE)分析，探索了中药蛋白质、同工酶凝胶电泳分析的模式方法；以泳动率、峰面积比值两参数为指标，对各中药电泳结果进行指纹图谱分析，并考察图谱的重现性、精密度和稳定性，最终建立“中药电泳指纹图谱(Protein Electrophoresis Fingerprints of Traditional Chinese Medicine，TCM-PEF)”新方法；将“TCM-PEF”技术应用于同类易混品、同科属相近品种、同种不同栽培品种、不同采收期等方面的中药品种鉴定和质量评价研究，分析比较Pro-PAGE、POD-PAGE、EST-PAGE不同指纹图谱的应用特点；构建根及根茎类、果实种子类、皮类、全草类、动物类等各类常用中药的电泳指纹图谱，探讨中药标准电泳指纹图谱库的建立。 结果 “TCM-PEF”技术操作简便、结果稳定、重现性高，可用于中药标准指纹图谱库的构建与动植物类中药材的品质评价；四种电泳指纹图谱方法具有各自不同的应用范围和条件，可在中药易混品、近缘种、栽培品种、采收期等各个领域发挥独特的品种鉴定和质量评价作用；Pro-PAGE指纹图谱最易操作、普及，是常用中药标准电泳指纹图谱构建的最佳方法。 结论 “中药电泳指纹图谱”创新性强、技术水平高，将动物、植物类中药的质量评价技术从形态、组织、细胞推进到分子水平，跨越了传统质量控制方法的障碍，具有广阔的推广应用前景。