当前,我国受环境保护和经济发展的双重压力下,“绿色、创新”成为我国经济转型时期经济发展“新常态”。面临资源短缺、市场竞争激励,创新是企业摆脱落后且污染严重的粗放型工业生产方式,增加市场份额,适应经济全球化,平衡环境保护和经济增长,甚至实现“双赢”的唯一选择。因创新的外部性和环境保护的公共性,市场调节容易出现失灵,政府必须作为主导,引导和调节市场。根据我国实际国情,国家统一制定法律法规,地方政府负责具体执行和政策的落实。但由于区域异质性和各地方政府的“官员晋升竞标赛”,导致各区域的政策落实情况不同,创新绩效不一,进而影响整个国家。近年来,各地方政府在处理环境保护和经济增长之间的矛盾时,采用大量的手段和方法引导和刺激被管理者。在环境管制方面,政府通常使用行政手段和经济手段约束被管理者的生产经营活动,进而对企业产生“倒逼作用”,促使创新主体选择创新,进而才会产生创新产出,知识产权保护政策才能发挥其作用,即有权可保。另外,受环境管制约束,企业负担加重,政府更应该对创新主体的合法权益加以保护,加强知识产权保护,缓解企业负担,进而产生“鼓励效应”。为研究各地方政府环境管制与知识产权保护对区域创新能力的影响分析,本文做了以下工作:首先,对本文相关概念进行界定和阐述,为后文作理论铺垫。在此基础上,再分析我国政府环境管制、知识产权保护与区域创新能力的现状及问题,分析政府主导下的环境管制与知识产权保护对区域创新能力的重要性,以及强调将政府环境管制的“约束效应”和知识产权保护的“鼓励效应”相结合的必要性。其次,研究自2006年“十一五”规划,国家首次将“节能减排”作为约束指标列入国民经济与社会发展规划纲要,到2015年“十二五”深入实施《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》。这十年我国全国和东、中和西部政府环境管制与知识产权保护情况,以及两者分别和共同实施对区域创新能力的影响作用。通过实证检验,得出结论:第一,整体上来看,政府环境管制方面,我国政府环境管制与区域创新能力并非简单线性关系,呈“U”型关系。第二,从东中西部地区来看,整体上政府环境管制中的行政处罚、政府规模和污染治理对区域创新能力都有正向促进作用,但其在不同地区作用效果不一样。第三,从全国范围来看,政府环境管制的“约束效应”和知识产权保护的“鼓励效应”同时实施,双管齐下,能更好的促进区域创新能力的提升,但目前两者的诱导力度不够,仍需加强。第四,从企业生存角度来讲,政府环境管制必须要在适度区间,这样才能更好的发挥其知识产权保护与环境管制的协同作用。据此本文进行门槛效应分析,进一步研究政府环境管制对知识产权保护的门槛效应影响分析,找到了具体的门槛值。但从实证结果来看,我国大多数地区政府环境管制力度并未控制在合理的范围内,仍需加强。最后,基于理论分析和实证检验,参考借鉴美国和日本在政府环境管制与知识产权方面的经验,针对我国具体国情和东、中西部地区区域异质性提出相应的政策建议。同时,在总结本文主要研究成果的基础上,指出本研究的不足之处及未来研究重点。