利用gyrB基因建立特异性分子诊断技术快速检测鸭疫里默氏杆菌

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本研究根据RA的gyrB基因序列设计一对特异的引物,结果表明只有RA的菌株能扩增出194bp的特异性片段。其余非RA则均未扩增出特异性条带,表明该对引物及建立的的PCR具有很强的特异性。对RA的DNA最小菌数检出为4.0×104CFU/mL。与基于16SrRNA-PCR法、Biolog细菌鉴定系统对可疑为RA的临床分离株进行检测和鉴定结果比较,结果显示采用以gyrB-PCR法与Biolog系统鉴定系结果完全一致,说明本研究建立的方法具有很好的特异性。本试验依据RAgyrB基因的保守序列,应用Primer ExplorerV4软件,设计了2对引物,通过优化了反应体系与反应时间,利用BstDNA聚合酶,在60℃恒温条件下进行扩增,在扩增产物内加入SYBRGeenI染料后,可通过肉眼观察有无荧光直接判定结果,该方法最低可检测至(?)4.0×103CFU/mL,其敏感性是常规PCR的10倍。实验结果证明,该方法具有可视、快速、灵敏、特异等优点,特别适合条件相对落后的基层兽医站广泛使用。本研究针对RAgyrB基因特异性DNA序列,首先设计了一对常规PCR引物(P1、P2),将引物P1、P2扩增产物的进行测序,测序结果在GenBank进行比对,并依据测序结果在其内部设计FQ-PCR引物(P3、P4),扩增片段的设计大小为187bp,该法建立的标准曲线的表达式为Y=-3.449X+34.602,相关系数为0.999,PCR循环效率为95.0%,DNA拷贝数在109-103copies/μL范围内检测曲线都具有良好的线性关系,重复性变异系数低于4%,该方法最低可检测至(?)6×101copies/μL,其敏感性是常规PCR的100倍敏感性。特异性实验结果显示,只对RA细菌基因组呈阳性结果,对其它禽病常见的细菌均为阴性并无交叉反应,特异性好,重复性佳。通过比较这三种分子生物学方法对临床菌株检测的结果发现:三种方法都能快速,准确的检测RA。LAMP和RQ-PCR的敏感性都远远优于常规PCR。LAMP扩增程序简单、不需模板热变性、长时间的温度循环、凝胶电泳、紫外观察等过程,在水浴锅内即可完成反应,特别适合野外现场及基层部门的应用,因此,LAMP有望发展成为快速检测RA的有效手段。
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