利用随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记技术对江苏太湖和安徽升金湖共4个区域的野生鲫鱼和黄颡鱼种群进行遗传多样性的比较，旨在分析太湖蓝藻水华产生的藻毒素及其衍生污染物的复合污染对两种鱼种群遗传结构的影响，为保护鱼类资源提供指导信息，同时为太湖水质的健康风险评价提供一些基础信息。　　研究结果显示，实验筛选得到的引物在对鲫鱼和黄颡鱼进行PCR扩增时都能得到清晰、稳定性和重复性好的条带。其中对鲫鱼扩增的8条引物中每条引物扩增得到的总位点数为9～20个，多态位点比率为58.33％～100.00％;对黄颡鱼进行扩增的6条引物中每条引物扩增得到的总位点数是8～18个，多态位点比率为50.00％～100.00％。此外，不论是野生鲫鱼种群还是黄颡鱼种群都表现出4个不同区域种群的多态位点比率、Shannon多样性指数和Nei基因多样性指数的大小趋势都呈现一致，即胥口湾种群＞升金湖种群＞东太湖种群＞梅梁湾种群。通过聚类分析发现，即使空间地理距离相隔不远，但在不同水质环境下生活的鱼类，其种群的遗传多样性和遗传分化已经表现出一定程度的差异，并且随着水环境污染程度的加重，野生鲫鱼和黄颡鱼的遗传多样性逐渐降低。推测可能是由于蓝藻水华产生的大量藻毒素以及衍生污染物的复合污染共同作用，而导致鱼类种群在面对外界环境胁迫时发生大量突变等应答机制，并随着时间的累积和鱼类自身的趋利避害效应，逐渐形成污染区域种群多样性下降的趋势。由此可见，保护鱼类资源的遗传多样性以及其赖以生存的水环境是面对太湖蓝藻水华污染所亟待解决和引起重视的课题之一。