高等教育与社会的联系愈加紧密，教育功能更加丰富，高校的体制改革受到各个国家的关注。国家、社会对高校的影响越来越大，高校内部的组织机构更加复杂，形成了多种力量共同治理学校的权力结构。高校内部管理体制的主要表现在各利益主体之间权力的分配和他们之间的相互作用，即高校的内部治理结构。高校的组织特性决定了学术权力与行政权力的客观存在，二者的冲突与协调构成了高校中权力运行的主要内容。正确处理好学术权力与行政权力的关系，既是高等教育的一个重要理论问题，又是一个非常有现实意义的实践问题。本文围绕高校这两项核心权力，采用比较分析法、历史分析法等方法，从多个角度分析高校的学术权力与行政权力发展演变、相互关系、相互冲突以及现阶段产生的问题。对中外高校学术权力与行政权力内部关系以及配置定位进行比较，分析其异同点。国外国家的高等学校，由于学术权力和行政权力的不同地位，治理结构存在很大的差异。同样也存在很多共性，西方高校都以学术权力为主导，崇尚学术自由，学术权力和行政权力的作用权限较明确，都实行委员会制的决策模式。这对我国高校的治理结构有很大的启示，从高校的运行机制上来看，要求我国高校内部的学术权力和行政权力并存。从高校内部权力结构来看，需要提高学术权力的地位，结合我国现代社会经济发展的实际情况和我国高等教育的现状，采取科学有效的方法，合理解决学术权力和行政权力现存的矛盾。为有效解决我国高校内部治理结构中的学术权力与行政权力，结合我国实际情况，树立正确的学术观，强化学术责任意识，优化高校内部治理制度，完善高校内部职能安排，取消行政级别，实现自主办学。