1998年颁布的《高等教育法》明确赋予了高校专业设置自主权,《普通高等学校本科专业设置管理规定(2012)》及其他相关文件的制定,更是进一步落实了高校专业设置自主权。以赋予高校专业设置自主权为核心的专业设置制度变迁的目的,是为了使高校专业设置适应国家和区域经济发展的需要,并符合高校自身定位及办学条件。然而通过数据统计及相关文献的研究发现,当前高校专业设置仍然存在脱离市场需求、脱离自身定位及办学条件的问题。为了深入探讨新制度经济学和专业设置之间的内在联系,本文选择了新制度经济学中的产权理论和制度变迁理论,对高校专业设置问题进行深入的分析。高校专业设置中交易成本的存在及外部性问题,决定了产权理论应用于高校专业设置研究的可行性;专业设置制度变迁中的非正式制约、实施机制、适应效率等因素的存在,体现了制度变迁理论应用于高校专业设置研究的价值。新制度经济学中产权属于制度环境,专业设置制度属于制度安排,也就是通常意义上的“制度”,高校产权决定了专业设置制度变迁的性质、范围和程度。通过运用新制度经济学中的产权理论和制度变迁理论,探寻影响高校专业设置合理化的相关因素,发现高校专业设置制度变迁中,产权不明晰导致的权责不对称、“公地悲剧现象”,以及非有效高校组织、非正式制约、路径依赖、实施机制、适应效率对高校专业设置的影响,制约了高校专业设置合理化的进程。最后基于新制度经济学理论,提出通过优化专业设置制度环境、落实专业设置制度安排,促进高校专业设置合理化的路径。