2012年修正后的刑事诉讼法将“排除合理怀疑”全面纳入证明标准,对现有的证明标准体系予以完善。然而,我国在引入源于英美法系的“排除合理怀疑”之后,在规范层面却缺少对其具体适用的指导,因而对实践运行造成较大影响。对此,本文通过实证研究的方式,深入考察“排除合理怀疑”在司法实务中的适用情况,准确了解“排除合理怀疑”的运行现状和主要问题,通过分析制度发展的困境,进而提出相应对策,促进制度有效实施。全文共分为四部分,约四万五千字:第一部分界定了“排除合理怀疑”在我国语境下的具体内涵。首先,以逻辑推理与经验法则的内在界定和政策、法律的外在约束为落脚点,对“合理怀疑”进行界定;其次,通过比较考察“排除合理怀疑”与“内心确信”,发现两者在适用状态上具有一致性,都属于主观层面的证明标准。但是,在思维方式、表述方式、适用范围和待证要件范围方面存在差异;最后,立足于我国,将“排除合理怀疑”与“证据确实、充分”进行比较,认为“排除合理怀疑”既没有取代原有的“证据确实、充分”标准,更没有降低我国刑事诉讼的证明标准,而是在包含了“排他性”、“唯一性”标准基础上,更利于实现“证据确实、充分”证明标准。第二部分对“排除合理怀疑”运行现状进行考察。该部分主要包括两个方面:一是运行总体情况分析。从检察院和法院的视角出发,分别考察“排除合理怀疑”在不同诉讼阶段的适用率、办案人员对该标准的评价以及适用过程中的具体问题。目前,司法实务中,普遍存在“排除合理怀疑”适用率低,办案人员认识模糊的现象。二是分别对存疑不诉案件、无罪案件、有罪案件和启动非法证据排除程序的案件中适用“排除合理怀疑”的情况进行考察,主要剖析“合理怀疑”在不同案件中的界定标准和不同诉讼阶段的认识差异。第三部分对“排除合理怀疑”在适用中存在的问题进行深入分析。通过对运行现状的分析,了解到“排除合理怀疑”在适用中存在以下问题:一是合理怀疑界定不明确。由于合理怀疑的界定具有主观偏向性,办案人员对合理怀疑的理解不一,导致办案人员在逻辑和经验的指导下进行自由裁量,容易造成适用上的混乱。二是证明标准强调客观性。由于对证明标准把握不准确,在办案中容易依赖印证证明模式,过分强调证据的客观性,忽视了主客观相结合的证明模式。三是排除合理怀疑标准具有同一性。具体而言,主要体现为案件类型证明标准的同一性和诉讼阶段证明标准的同一性,不符合认识的客观规律,不利于证明标准的实现。四是排除合理怀疑可操作性不足。司法实务中,证明标准具有模糊性,证明目的和证明标准相混淆造成证明标准难以把握。第四部分针对“排除合理怀疑”在适用中存在的问题,提出完善对策。此部分包括两个方面:一是从制度上保障排除合理怀疑标准的实施,通过建立多层次证明标准体系,根据不同诉讼阶段、不同严重程度案件分别适用不同的证明标准,以此应对证明标准同一性和可操作性不强的问题;通过强化裁判说理,实现法官心证公开,提升司法公信力,解决合理怀疑界定不明确的问题;通过证人出庭制度的完善,实现审判中心主义的要求,可以在一定程度上有效抑制证明标准的过于客观化。二是通过完善司法环境,促进“排除合理怀疑”得到有效实施。法院方面,应当强化法院中立地位,增强审判独立,提高法官综合素质,强化人民陪审员功能;检察院方面,应当强化检察机关特殊法律地位,增强法律监督职能,强化起诉阶段证据审查;辩护人方面,应当强化有效辩护,增强辩护功能,强化调查取证功能。通过上述举措,切实实现“排除合理怀疑”标准的有效性。