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海洋约占地球表面积的71%,在浩瀚无垠的海洋中,微生物无处不在,它们主要参与大气产生、微食物网、有机物质的生物地球化学循环过程,其多样性和丰度分布情况极其复杂,是海洋生态系统生物量和初级生产的重要组成部分。微微型浮游生物（Picoplankton）是指粒径介于0.222-3μm的浮游生物,主要包括微微型真核浮游生物、浮游细菌和病毒,其具有丰度高、体型小、易被忽略等特点。研究不同海洋生境下微微型浮游生物的多样性及群落结构,可以更好地了解微生物与环境和/或生物因素之间的关联,也可以探究微微型浮游生物的时空分布规律,为海洋微微型浮游生物优势类群和稀有类群的全球分布模式提供数据补充,全面把握其生态学地位。本文主要利用高通量测序技术结合流式细胞仪计数方法,对舟山渔场海域不同季度微微型真核生物以及夏季舟山群岛不同功能区划海域浮游细菌的丰度分布特征及群落结构进行研究,并利用RDA/CCA（RDA,Redundancy analysis;CCA,Canonical Correlation Analyses）分析了微微型浮游生物与环境因子之间的相互关系。主要研究结果如下:根据流式细胞仪计数结果,微微型真核生物最高平均丰度出现在秋季（8.58×105cells/m L）,春夏冬三组平均丰度差异较小（1.46–2.21×105cells/mL）。舟山渔场夏季、春季、秋季和冬季的平均碳生物量为:11.32、1.93、2.30和2.66 mg C/m3。通过目标海域4个季度24个微微型真核生物样品的基因组进行高通量测序,完成了对其群落结构和多样性的季节性变化分析,总计得到个856291条优质序列,包括257个OTU,分属于40个门,68个科,99个目,126个科,140个属。各季度优势种各有差异,Cryptomonadalesuncultured和Intramacronucleata在全年出现的频率较高。本研究借助LEfSe多级物种差异判别分析找到了各个季度组中的优势鉴别类群,借助Network网络分析观察到各季度的共现性物种。相对于传统研究方法,分子生物学方法的确可以发现更多的海洋微生物种类。各季度微微型真核生物群落结构与环境因子关联分析显示,温度和NO3-对夏季的样品具有较强的正相关影响。对于春季全部样品和DS5（DS5,冬季5号样品）,NO2-和盐度对其呈现出较强的正相关影响,PO43-对其有负相关影响。PO43-和PH对秋季样品具有较强的正相关影响,对夏季样品具有负相关影响。关于不同功能区划海域夏季浮游细菌多样性及群落结构的结果。流式细胞仪计数结果显示各海域浮游异氧细菌丰度情况从高到低进行的综合排序结果为:GQ>ZJJ>DJ>TH>LH>DS>SJM>JT（GQ,枸杞海域;ZJJ,朱家尖海域;DJ,东极海域;TH,桃花海域;LH,六横海域;DS,岱山海域;SJM,沈家门海域;JT,金塘海域）,由丰度指数（Chao1、ACE）对浮游细菌丰度情况进行排序为:LH>JT>DS>SJM>DJ>ZJJ>GQ>TH。舟山群岛各海域的Synechococcus和heterotrophic bacteria的丰度均值略高于长江口等临近海域,约106cells/mL,具有较高的生物固碳能力。大黄鱼养殖区（DJ）、贻贝养殖区（GQ）、旅游区（TH）的绝对优势菌群为黄杆菌纲,盐田区（DS）、工业用海区（JT）、排污区（LH）、港口航运区（SJM）的绝对优势菌群为γ-变形菌,捕捞区（ZJJ）的绝对优势菌群为蓝细菌。本研究验证了α-变形菌在近岸海域特别是人类生产活动造成有机颗粒浓度较高的海域中分布广泛,γ-变形菌与海洋降硫过程具有重要关联,δ-变形菌的丰度或许与石油烃类污染有显著性关联,黄杆菌在赤潮期间反应迅速。利用PICRUSt（v1.0.0通道）对各功能区划海域的细菌功能进行预测,整体来看,各目标海域中细菌的功能多样性较高且差异相对明显。