西部生态退耕工程的核心问题之一就是如何对参与退耕还林还草的农民和地方政府施以合理的补偿。本文从当前补偿政策的缺陷入手，借鉴国内外生态补偿机制的相关理论和研究，构建了生态退耕补偿机制的框架，希望通过“补偿”手段来促进西部地域的经济发展和生态环境的逐步改善。 对于补偿标准的确定方法这一关键性问题，本文提出根据生态退耕的具体过程来确定补偿的内容和补偿额度。补偿的内容分为产业结构调整补偿(包括退耕损失补偿和地方产业结构转移补偿)和生态重建补偿(包括种苗成本和其他造林费用的补偿，以及对还生态林(草)农户增发的一部分管护报酬)。 将该思想运用于西部生态退耕区域，进行补偿额度的确定，主要结论如下： 1、针对粮食补偿，通过聚类分析，把西部划分为5个补偿等级：Ⅰ270斤/亩；Ⅱ80斤/亩；Ⅲ150斤/亩；Ⅳ450斤/亩；Ⅴ380斤/亩。实地调查证明，80斤/亩的补偿额度与案例研究区农民的退耕损失基本相符。 2、针对产业结构转移补偿，笔者从武川研究区产业结构调整的现状出发，就当地应如何提高经济作物种植技术、解决养殖困难以及吸引外商投资农产品加工业等方面给出了具体的政府扶持办法。 3、在种苗成本补偿方面，本文认为，依据各地造林种草的实际需求给予种苗补偿要更为科学。而在管护报酬方面，本文在对生态退耕补偿和生态公益林补偿加以对比之后，建议按《中央森林生态效益补偿基金管理办法》中的补偿标准(5斤/亩)给予补偿。