论文部分内容阅读
基因水平的适应性进化是一个遗传群体中以一种具有较高适合度的等位基因替代另一种等位基因的过程。检测某一物种的适应性进化有助于理解生物进化历史及相关结构与功能变异。轮状病毒是引起世界范围内人类和动物急性腹泻的传染病毒,其外壳蛋白VP7在诱导产生中和抗体中具有重要的作用,NSP4蛋白作为致泻蛋白,在疫苗研究中亦备受瞩目。目前对于轮状病毒的研究仅限于实验测序、基因分组、同源分析等方面。本研究旨在以统计学理论为依据,应用最大似然法方法(maximum likelihood,ML),对轮状病毒进行系统发育和适应性进化检测分析。对于特定地区及不同物种轮状病毒的进化模式及特点进行探讨分析。具体的研究内容及主要的创新之处如下:(1)以轮状病毒VP7、NSP4蛋白作为研究对象,以GenBank数据库为基础,从中筛选出中国区不同血清型完整序列,进行系统性的序列比对分析,并且构建了系统进化树,找出了中国区人轮状病毒不同血清型的轮状病毒VP7、NSP4蛋白编码序列异质性和变异规律。为中国区轮状病毒适应性进化分析提供了可靠的前提基础。(2)利用最大似然法统计方法研究轮状病毒适应性进化,采用位点特异模型处理序列数据集,从分子层面找出中国地区人轮状病毒VP7和NSP4蛋白编码序列在进化过程中承受的正选择作用信号,发现了在NSP4蛋白序列中对于病毒功能分化及结构改变至关重要的位点信息。这也是本文研究的重要研究成果之一。本研究还将另一种适应性进化分析方法——Suzuki-Gojobori法应用于数据集,对两类方法试验结果进行比较分析。为今后中国地区轮状病毒疫苗的研制和流行病学检测提供了分子生物学依据。(3)本研究还提出了不同物种轮状病毒VP7、NSP4的进化是否一致以及特定物种中如何进化的问题。通过自行筛选数据,选取不同物种VP7、NSP4蛋白编码序列为基础构建研究数据集。构建系统进化树,为后续研究绘制进化拓扑结构。通过分支模型,分支-位点模型的运用,识别了不同物种中轮状病毒VP7、NSP4不同的进化模式与特点。研究发现不同物种中的轮状病毒VP7、NSP4蛋白进化过程中占主导的为负选择作用,然而我们依旧在此背景下发现了特定物种中的正选择作用并识别出选择位点。找到了特定物种中的重要的免疫区域。本研究的结果不仅为人类轮状病毒,同时也为动物轮状病毒免疫提供了分子层面的依据,为轮状病毒漫长的分子研究进程做出了最初的探索。