90年代以来，许多企业为了在速度、质量、成本、服务等关键指标上取得进一步的竞争优势，纷纷进行业务流程再造(Business Process Reengineering,BPR)。但随着BPR的深入，人们逐渐认识到不仅要对职能内和职能间的流程进行再造，也要对跨组织的流程进行再造。在市场竞争主体由单一企业向供应链形态迁移的新环境下，企业为了提升自己的竞争力，同样需要借助BPR的思想进行管理创新。于是供应链环境下的BPR成为企业改革与关注的焦点。本文以我国制造业为研究背景，探索供应链环境下企业进行BPR的理论方法与应用研究。其主要研究内容如下：首先，回顾了与BPR相关的国内外研究现状，通过与传统BPR的比较，揭示了供应链流程再造研究的理论价值与现实意义；梳理了SCM、BPR以及两者之间的内在关系等相关基本理论，为论文的研究提供了理论依据。其次，阐述了供应链环境下企业BPR的实施时机和再造路径，分析和比较了业务流程的建模方法，突出了Petri网建模的优越性，确立了Petri网与ESIA相结合的供应链流程建模优化方法，并提出了流程正确性设计验证方法。再次，本文对供应链流程价值进行了分析，提出了核心业务流程的识别原则与方法，并对核心业务流程再造绩效进行评价研究，从流程成本、流程效率、顾客满意度和流程柔性四个方面构建了流程再造的绩效指标评价体系，运用二级模糊综合评价方法对其评价。最后，以QY公司的核心业务流程再造为例进行了实证分析，在对公司现状分析的基础上，以“标杆瞄准”的再造方法在公司内引入“市场链”的机制，通过优选矩阵选取公司的核心流程，运用Petri网对其进行建模分析，并对核心流程再造的效果进行了评价。