本文以大连的陈德惠律师事务所偷税无罪案和陕西的邱兴华故意杀人案作为分析研究的对象。其中,暴露出我国司法鉴定体制存在很多问题,主要的焦点集中在鉴定人中立性规则和精神病司法鉴定程序的启动上。我国司法鉴定体制中存在影响司法鉴定中立性的相关方面,司法鉴定主体如果不中立于诉讼中各个参与主体,容易导致鉴定意见的倾向性明显,其鉴定意见的公信力也就下降。本文从司法鉴定主体的中立性的概念及其基本要求出发,联系我国国情,阐述我国司法鉴定的中立性现状,指出存在鉴定机构设置内部化；鉴定的启动具有职权依赖性；鉴定人的程序参与机制不足；中立性异议的救济机制不足；鉴定人的管理中存在的问题等。对鉴定人的资格进行界定,指出存在的鉴定人不适格的问题,并对两大法系国家司法鉴定中立性的现状进行分析。邱兴华案中,侦查机关、审查起诉机关和审判机关都拥有司法鉴定的启动权,但当事人仅仅只有申请补充鉴定和重新鉴定的权利,这就是说,当事人只有司法鉴定的申请权,而没有是否启动司法鉴定的决定权。即使是公检法机关拥有启动的决定权,但在权力的分配上,出现了混乱,效率低下的特点。这种失衡的鉴定启动权分配明显有损程序公正,导致了一系列问题的出现。当事人在整个诉讼案件中居于关键位置,法律应当有相应的程序保障当事人参与到鉴定启动程序中来,而该案现实状况下对当事人的程序保障做得还不够好。当今世界司法精神病鉴定程序启动模式主要有两种：具有较强灵活性的英美法系鉴定启动模式和具有严格性的大陆法系鉴定启动模式,两种类型各有特点,即使两大法系内部鉴定启动程序在运用上也各有不同。文章的最后,本文从鉴定的中立规则和精神病司法鉴定程序的启动方面提出了立法方面的建议,主要是通过完善中立性异议的救济机制；对其例外情形的严格限制；赋予当事人的司法精神病鉴定启动权,强化司法机关的中立性等做法,从制度上最大程序去完善司法精神病鉴定的启动程序,确保鉴定人的中立鉴定,真正做到司法鉴定的有法可依,以期保护诉讼中作为“弱势群体”的当事人的合法权利,实现实体正义和程序正义的有机统一。