枣（Ziziphus jujuba Mill.）是我国特有的第一大干果树种，在植物分类上属鼠李科（Rhamnaceae）枣属（Ziziphus）植物。酸枣是枣的野生型，是极具价值的药用植物资源。枣和酸枣种质资源丰富，研究枣和酸枣的遗传多样性及其亲缘关系，对阐明枣树起源和种质资源保护具有重要意义。针对这一科学问题，已开展了很多基于核基因组的分子标记研究，但是从细胞质遗传的角度，如利用叶绿体微卫星标记（ChloroplastSSR, cpSSR）技术，关于枣的单倍型组成、遗传多样性和地理起源研究还未见报导。所以，本论文利用cpSSR标记研究枣和酸枣的遗传结构及多样性，取得结果如下：（1）采用高盐-低pH法和改良高盐-低pH法比较研究了枣叶绿体分离和叶绿体DNA（Chloroplast DNA，cpDNA）提取。结果发现，高盐-低pH法提取的cpDNA，其OD260nm/OD280nm值均为1.28，质量低，不能满足测序要求；改良高盐-低pH法所得cpDNA产量明显提高，且cpDNA结构完整、质量高、纯度好，其OD260nm/OD280nm值介于1.8～2.0，无降解现象，可以满足测序要求。（2）根据本课题组已获得的枣树全基因组测序数据，利用Blast程序将获得的reads数据与已测的葡萄（Vitis vinifera）叶绿体基因组数据进行比对，抽取叶绿体基因组的数据。利用SOAP软件进行拼接、组装，最后用PCR补洞，得到一条长度为151,963bp的scaffold序列。基因注释表明，枣树叶绿体基因组由四个区域组成，包括大单拷贝区（LSC）、小单拷贝区（SSC）和两个反向重复区（IRA和IRB），共包含134个基因。（3）根据所得叶绿体基因组序列的特征，分别针对基因区和基因间隔区随机设计15对、28对特异引物，进行PCR扩增、测序，根据测序结果验证组装精确度。结果表明，基因区的组装准确度平均达到98%以上，而基因间隔区组装准确度平均92%。（4）根据测序验证结果，选择扩增产物长度、目标产物长度或扩增产物长度、测序产物长度一致或相似的cpSSR引物作为候选多态性引物。选取不同地区的枣品种11个和酸枣类型4个，用初选的cpSSR特异引物进行PCR扩增，经聚丙烯酰胺凝胶电泳进行多态性检测，共获得9个具有多态性的标记位点。（5）选择72个枣品种、23个酸枣类型和1个毛叶枣（Z. mauritiana Lam.），用添加特异荧光标记的上游正向引物的6个多态性cpSSR标记进行PCR扩增，扩增产物经ABI3730XL测序仪进行毛细管电泳分析。电泳结果用Gene Mapper软件进行数据收集和手工修正后，转为指纹数据矩阵后，发现6个标记在96个样品共检测到20个等位基因位点，平均有效等位基因数（Ne）为1.065～1.769，多样性信息指数（I）为0.159～0.1747，多样性指数（h）和无偏多样性指数（uh）分别为0.061～0.435和0.062～0.439。计算枣和酸枣两个群体的多样性指数后发现，酸枣多样性指数（Ne=1.619，I=0.483，h=0.303）相对高于栽培枣（Ne=1.393，I=0.437，h=0.256）。酸枣和枣群体的总体多样性为Ne=1.506，I=0.460， h=0.280，两个群体的Nei氏遗传一致性为0.970。AMOVA分析显示，群体内遗传变异（95%）大于群体间变异（5%）。（6）将获得的指纹数据转换为0/1矩阵后导入NTSYS软件并进行聚类分析。聚类结果显示，96个样品由7个叶绿体单倍型组成。其中，毛叶枣单独成为一个分支，酸枣和枣具有共同的单倍型类型ct1和ct4，单倍型ct2和ct3为枣特有，单倍型ct5和ct6为酸枣特有。由以上结果可知，枣和酸枣共同拥有多个单倍型，两个群体间没有发生显著的遗传分化，说明枣核酸枣的基因相互交流广泛，揭示出枣和酸枣亲缘关系紧密，也证明了酸枣到枣的进化是多条路线的。