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本研究基于课题组前期对新疆地区中国荷斯坦牛和新疆褐牛群体的DNA池重测序结果筛选SNPs,并进一步进行研究分析,检测验证其多态性,并与新疆地区中国荷斯坦牛和新疆褐牛产奶性状及体细胞分(SCS)进行关联性分析,进一步寻找与产奶性状相关的分子标记。首先,根据产奶性状候选基因相关报道,在DNA重测序结果中筛选相应的SNPs,以新疆地区4个牛场中国荷斯坦牛和新疆褐牛群体为研究对象,并根据MassArray技术检测要求,最终选择21个SNPs进行个体基因分型实验(其中8个由重测序提供,13个参考相关文献)。其次,运用MassArray技术对21个SNPs进行基因型检测,最终选择17个SNPs与产奶性状及SCS性状进行关联分析。单标记关联分析结果表明,12个SNPs与中国荷斯坦牛乳脂率、乳蛋白率、乳糖率、总固体和SCS性状有着不同程度的关联;15个SNPs与新疆褐牛305天产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳糖率、总固体和SCS性状有着不同程度的关联;其中有8个共同的SNPs均与中国荷斯坦牛和新疆褐牛产奶性状和SCS有关联,这些位点分别是Hapmap30646-BTC-002054b、Hapmap30086-BTC-002066ab、rs41586699、rs41624797、rs41627764、rs41647754、rs41941646和rs41942492。连锁不平衡检测结果发现Hapmap30086-BTC-002066ab和Hapmap30646-BTC-002054b两个位点、rs29018751、rs41942492、rs42954630三个位点均处于强连锁不平衡状态,C60625677T和rs41647754位点处于弱连锁不平衡状态。进一步的单倍型关联分析结果表明,由Block1和Block2组成的单倍型与中国荷斯坦牛乳蛋白率和SCS性状达到显著关联,Block1和Block3组成的单倍型与新疆褐牛总固体和SCS性状达到显著或极显著关联。本文产奶性状候选基因关联分析的研究结果,可为新疆地区中国荷斯坦牛和新疆褐牛以基因组分析为基础的分子标记辅助育种提供理论依据和参考。