近年来,气候变化引起海平面上升、生物种类急剧减少等问题,对人类的生存与社会经济政治的发展产生了重大的影响。农业是碳排放的重要来源之一,传统的农业方式对于环境极其不友好,其对化学投入和化石能源的过度依赖在削减农业环境的承载能力。农业生态补偿制度有利于改善农业生态系统环境质量,对于推动生产方式的转型和低碳农业的发展具有重要的意义。本文借助农业生态补偿的相关理论和研究方法,对农业生态补偿进行现状分析与体系设计;并以中国31个省市区为研究对象,利用碳系数法计算农业生产过程中的碳排放量和碳吸收量,在此基础上考虑碳的交易价格和Pearl生长曲线计算补偿值,再用平均补偿值对各省市区进行修正,得出1998-2018年中国农业省际生态补偿标准,并界定补偿的主体和客体,为农业生态补偿实践提供参考。本文的研究主要结论如下:（1）本文分析当前我国农业生态补偿现状,发现存在以下问题:缺乏系统性和完整性、缺乏合理科学的补偿标准、补偿资金来源渠道狭窄和补偿方式单一、补偿监督力度不够。基于碳收支的农业生态补偿体系设计涉及多个方面,如补偿原则的选择、补偿主客体的分析界定、补偿额度的制定、补偿方式和补偿途径的确定、配套政策保障和监督机制的建立健全等方面。（2）从农业碳收支核算的结果来看,1998-2018年间,中国农业生产产生的碳排放总量呈波动上升的趋势,其中农地利用和畜禽养殖过程产生的碳排放量占比最大。分省来看,各省份农业碳排放量和碳排放强度差异较大,在研究时段内年均农业碳排放量排名靠前的省市主要是河南和湖南,排放量相对较低的省市区包括北京、天津和上海。中国农业生产产生的碳吸收量总体呈上升趋势,年均农业碳汇量靠前的省份为河南和山东,靠后的省份为西藏、青海、北京、上海和天津。就农业净碳汇量而言,除去西藏、青海两省份,其他省份的年均值均大于零,表现出较好的固碳能力。（3）从中国各省区农业生态补偿标准测算结果来看,以全国平均补偿价值为基准对农业生态补偿价值进行修正,修正后的补偿主体区比修正前有了较大的增长,从西藏和青海增加至北京、天津等在内的22个地区;碳受偿地区由原来的29个省市区减少至9个省市区,其中山东、河南和江苏的年均受偿价值最高。从地区的层级来看,华东地区、华中地区和华南地区为主要的碳受偿区域,华北、西南和西北地区为主要的碳支付区域。1998-2018年间,各省区农业生态补偿分区有所变化。其中四川从基本平衡区转变为碳受偿地区;辽宁由受偿区变为支付区,内蒙古和新疆由支付区变为基本平衡区。为保障农业碳生态补偿的有效实施,提升低碳农业发展的水平,提出以下措施:转变农业粗放生产观念、确定符合现实需求的科学合理的补偿标准、确保种类多样化的补偿方式、优化补偿资金的融资方法和加强农业生态补偿立法。