PEDV变异株的分离鉴定与遗传演化分析

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猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)是单股正链RNA病毒,属于α-冠状病毒,可引起猪流行性腹泻病(Porcine epidemic diarrhea,PED),临床表现为呕吐、腹泻、脱水等。PEDV是造成病毒性腹泻的主要病原,流行范围广,目前中国除西藏外绝大部分省市均有报道,不断出现的PEDV变异株,使得现有的疫苗防护效率大大降低,给猪场造成严重损失,堪称猪场收益的“收割机”。因此,加强对新发变异毒株的研究,对PEDV的防控具有重要意义。本研究选取山西省某养猪场发生腹泻仔猪的小肠组织病料为样本,PCR方法初步鉴定是PEDV阳性,利用Vero细胞接种分离病毒,然后通过RT-PCR检测到PEDV S基因目的条带;利用N蛋白抗体进行间接免疫荧光检测,可以观察到明显的荧光,并通过电镜观察形态等方法进行病毒鉴定,结果显示病毒周围具有典型的纤突蛋白,成功分离得到PEDV,命名为SXYC株。为了进一步追踪PEDV-SXYC株遗传进化,本研究通过分子生物学方法,对PEDV-SXYC株的基因组进行克隆测序,并与已报道毒株序列分析比对。全基因组的系统发育分析表明,SXYC株属于G2亚群,与ZJU/G2/2013株亲缘关系最近;同源性数据分析表明,PEDV-SXYC株与经典毒株CV777全基因组同源率是96.5%,S、E、M、N、ORF1a、ORF1b 氨基酸同源率分别为 93.2%、97.4%、98.1%、96.4%、99.1%、99.8%,说明SXYC株的基因较经典毒株发生了较大变化。为了验证SXYC传代培养后的毒力是否减弱,本研究对SXYC株进行了体外连续传代培养,并选择第十代(SXYC-P10)和第100代(SXYC-P100)株对3日龄的健康仔猪进行感染试验,结果显示感染SXYC-P10株的仔猪均有明显的PED特征性临床症状,小肠肠壁变薄,肠内胀气,内容物稀薄状;经组织病理学检测,感染SXYC-P10株实验仔猪的小肠绒毛发生萎缩和脱落,IHC显示病毒主要分布在小肠绒毛表面,经RT-qPCR测定,感染SXYC-P10株仔猪空肠、回肠、十二指肠每克样品的病毒含量分别为108.2拷贝、108.2拷贝和106.8拷贝。而P100攻毒组仔猪未出现异常表现,仔猪小肠绒毛完整,未检测到病毒。综上所述,成功分离到PEDV-SXYC毒株,经过基因克隆测序分析,PEDV-SXYC株属于G2亚型,与经典毒株CV777株同源率为96.5%,与CV777相比,S基因存在大量碱基突变,S蛋白氨基酸同源率93.2%,说明本次研究分离的PEDV-SXYC株是变异株,且SXYC传代培养后毒力明显减弱。为PEDV防治和疫苗研发提供了理论基础和实验依据。
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