甘蓝花瓣黄色基因BolC.cpc-1的定位及克隆

来源 :中国农业科学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liyang137963
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结球甘蓝(Brassica oleracea L.var.capitata)、芥蓝(Brassica oleracea L.var.alboglabra)均属十字花科芸薹属甘蓝种的两个变种。结球甘蓝(简称甘蓝)花瓣一般为黄色,而芥蓝有黄花和白花两种类型。为了揭示甘蓝类蔬菜作物的花色遗传机制,本研究以黄花结球甘蓝自交系YL-1和白花芥蓝自交系11-192为材料,对花色的遗传规律进行分析,并对花色基因进行精细定位,根据甘蓝基因组注释信息筛选并克隆候选基因。主要结果如下:1.花色遗传规律分析以黄花结球甘蓝自交系YL-1(P1)和白花芥蓝自交系11-192(P2)为亲本,构建了F2(包含344个单株)和BC1P1分离群体(包含491个单株),开花期观察花色并统计各表型的单株数,其中F2群体有271个白花株,73个黄花株,经卡方测验符合3:1分离比;BC1P1群体中有253个白花株,238个黄花株,符合1:1分离比,由此表明这两份材料中白花对黄花为单基因显性遗传。2.花色基因定位使用分离群体分组分析法(BSA)筛选了1093对InDel引物(其中95对是根据双亲重测序数据开发),获得与花色紧密连锁的标记M4131,初步将花色基因定位在C03染色体;后进一步设计引物,扩大群体,获得11个与花色紧密连锁的标记,两侧最近连锁标记为M4085和M4089,遗传距离分别为0.88 cM和0.16 cM,通过与甘蓝参考基因组比对,花色基因被定位在C03染色体207 kb的区域。同时在基因定位过程中,发现BRAD数据库中甘蓝参考基因组的Scaffold000063拼接颠倒。3.候选基因的分析根据甘蓝基因组注释信息,发现定位区间内共含14个基因,筛选到候选基因Bol029878(BolC.cpc-1),其功能为编码类胡萝卜素裂解双加氧酶。设计引物,对两个亲本的gDNA克隆分析,结果发现芥蓝亲本中的BolC.cpc-1与芥蓝TO1000数据库中对应的基因Bo3g158650序列完全一致,全长1791bp,没有内含子,只有一个外显子。甘蓝YL-1序列与芥蓝11-192序列相比:308bp处有1bp(C)的插入;771bp处有7bp的缺失(CCGTACG);1094bp处有1bp(G)缺失;另外还有34个SNP。推测这些插入缺失及SNP造成了甘蓝材料中BolC.cpc-1功能的丧失。根据7bp缺失突变设计的标记D1与黄花表型共分离。通过测定花瓣中类胡萝卜素从生理角度验证了候选基因确定的可靠性。
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