研究中选择了线粒体基因组中的16S rRNA基因和核基因组中的核糖体蛋白S7 基因以及重组活化基因2 作为遗传标记。在线粒体16S rRNA 基因、核基因重组活化基因2 和S7 核糖体蛋白基因序列变异的基础上,对东亚鲤科鱼类的系统发育关系进行了探讨。分别选择了鳅科、平鳍鳅科和亚口鱼科的代表性种类作为鲤科鱼类系统发育分析中的外类群。系统发育的重建分别使用了最大简约性分析和最大似然性分析。主要研究结论表述如下: 1 波鱼类群是鲤科中的最基部类群。除了基部的波鱼类群外,其余的鲤科鱼类聚为两个系群:雅罗鱼系和鲃系。2 鲃系中包括了两个分支。鲤类、裂腹鱼类和鲃类密切相关,共同聚为一个单系类群;野鲮鱼类共同构成一个单系群。3 雅罗鱼系中,北美分布的鱥类和欧亚分布的雅罗鱼类共同构成一个单系群;东亚地区包括鳅鮀在内的鮈类和欧洲的鮈共同构成一个单系类群;鳑鲏构成一个单系类群。这三个单系群之间进一步密切相关。东亚特有的赤眼鳟、鳡、鲢、鲴和鲌的分类单元和附属的小型鲤科鱼类,如马口鱼类和细鲫类共同构成一个单系类群。丁鱥属于雅罗鱼系,但它的系统位置尚不明确。4 现代的东亚鲤科鱼类区系可能起源于早中新世时期。中国东部和日本列岛在中新世和上新世时期很可能都属于同一鲤科鱼类区系。直到上新世时期现代中国鲤科鱼类区系开始建立。日本现代鲤科鱼类区系在更新世中期才开始逐渐形成。5 鲤科鱼类线粒体16S rRNA 基因碱基颠换的进化速率估计为每百万年0.14% (0.14%/MY)。据此推算,东亚特有鲤科类群现生物种的分支发生事件最早是在青藏高原隆起过程中伴随着东亚季风气候的出现而开始的,而赤眼鳟、鳡、鲢、鲌和鲴物种分化过程中大量的分支发生事件则发生在东亚季风稳定