土地经营权流转制度存在着几大问题,第一是土地经营权的定性问题,如果将土地经营权定性为债权,那么采用债权的流转规则,反之,那么采用物权的流转规则;第二是登记与土地经营权定性的关系问题,这一问题从属于定性问题;第三是土地经营权流转规则的选择问题。关于定性问题,《农村土地承包法》虽然赋予了土地经营权在一定条件下的登记能力,但并不意味着经过登记的土地经营权必然具有物权地位。学界对土地经营权定性问题的讨论主要在立法论的高度上展开,但《承包法》的修正工作已经告一段落,有条件从解释论的角度对其进行观察。土地经营权登记能力与其物债定性无涉,不宜将未经登记的权利解释为债权,而经过登记的权利解释为物权。应当以对边缘问题的讨论代替传统的中心问题,登记对抗制度事实上是一种区别与善意取得制度的特别的权利取得手段。土地经营权流转制度的问题是典型的边缘问题,可以将土地经营权与古罗马法上的永佃权流转制度、我国“假田制”、“永佃制”及“田底田面权”制度的流转规则相比较。历史法学派主张法律是一种“地方知识”,在不同的法律体系之间存在着难以攻破的不可通约性。但永佃权即是东、西方法律制度生长出的零星“通约点”。罗马法永佃权（Emphyteusis）起源于希腊的εμφυτευσιζ制度,该制度与我国类似制度的最大共性是以一种改良义务为基础。永佃权的流转规则分为两个类似的模式,其中的差别在于:所有人是否收取相应的过佃许可金,以及收取与新受让方重新签订契约的义务。重新签订永佃契约的罗马法永佃权的流转规则具有重大的借鉴意义,但是并不能妥善地处理具有中国特色的“私相授受”的农地流转现象。我国古代“一田二主”的流转规则同样分为两个部分,其一为永佃权通过“私相授受”的方式进行流转,是一般租赁合同的流转规则;其二为田面权“立价交佃”的方式进行流转,是一般买卖合同的流转规则。单一地借鉴罗马或者我国古代的流转模式都不能让人满意,但是可以将罗马法中的“租约转让”制度与我国“私相授受”相互结合,并且通过释放《承包法》第46条的解释潜力,将“书面同意”设计称“农地流转关系的转辙器”,如果受让方征得承包方的书面同意,那么农地流转的方式为“租约转让”,反之,承包方仍然可以通过“私相授受”的方式流转农地。