收入分配机制是农村合作经济组织运作的核心，合理分配共同的交易收入是合作经济组织经营中多元参与主体实现联合与合作的基石，是组织赖以存在和持续发展的重要条件。在思想宗旨上，农村专业合作经济组织要追求公平，而在现实层面上，专业合作经济组织要追求效率。可是，公平与效率具有与生俱来的矛盾，鱼和熊掌不能兼得，合作经济组织为了生存，不得不放弃一部分社会公平目标。在实际的操作中，就出现了一些不遵照经典合作社原则的——按惠顾额分配盈余和资本报酬有限的现象，如仅有按股金分红而无按惠顾额分配盈余的专业协会、只提供技术指导而没有分配制度的专业技术协会等，这些分配制度中的不规范、不健全，将会影响到合作经济组织的长远和健康发展。 本文在回顾我国农村专业合作经济组织及其分配制度现状的基础上，从大量的案例入手，对比不同类型的农村专业合作经济组织分配制度的差异。并运用制度经济学的研究方法从制度的健全程度分析不同种类分配制度的效率，通过研究分配制度对农户的吸引、激励程度等方面的影响。判断得出：目前比较适合我国农村专业合作经济组织发展的分配制度，是将按惠顾额分配盈余、按股金分红和股息相结合的分配制度。最后分析我国目前农村专业合作经济组织分配制度中存在的问题及原因，并提出相应的政策建议。