我们使用HapMap计划中的基因型数据来研究人类基因区域的连锁不平衡模式。在确定单体型块在基因中的分布和结构后，我们分析了11个群体间11，998个基因区域的连锁不平衡模式。结果显示基因间的连锁不平衡模式有很大的差异。具有高连锁不平衡程度和低连锁不平衡程度的基因(位于上四分位数的基因和下四分位数的基因)倾向于分布在不同的功能类中。具有高连锁不平衡程度的基因倾向于分布在新陈代谢过程，高分子本地化和细胞周期等功能类中；然而具有低连锁不平衡程度的基因倾向于富集在发育过程，离子转运，免疫和调控系统等功能类中。进一步的，我们将基因区域划分为三个子区域(3’UTR，5UTR，和CDS)，并比较具有高连锁不平衡程度和具有低连锁不平衡程度的基因在上述三个子区域中的差异。我们发现与具有高连锁不平衡程度的基因相比连锁不平衡模式在具有低连锁不平衡程度的基因中呈现一种小的散在的块状结构，尤其是在CDS和5’UTR区域。同时，我们也发现对于二者而言5’UTR区域的连锁不平衡程度都要略高于3’UTR区域的连锁不平衡程度。另外，我们评估了不同群体间基因内连锁不平衡区域的重叠情况，发现在具有高连锁不平衡程度的基因中连锁区域在群体间更倾向于一致。分析群体间基因区域的连锁不平衡模式对了解人类的进化历史和关联分析中标记位点的选择有重要的意义。