随着我国科技发展水平的不断进步，科技活动也开始逐步从“研仿”时代迈进“原创”时代。重大科技项目是技术创新的主要载体，重大科技项目往往面向国家急需，探索技术发展前沿，解决关键技术和应用技术瓶颈问题，是新原理、新技术的重要来源。重大科技项目的管理难度随着技术、系统的复杂性而日益增加，管理模式逐步从粗放的、单一向精细、复合管理方向转变。在同样的体制机制和项目全过程管理条件下，科研机构的组织结构对承担重大科技项目有怎样的影响，本文通过分析国家重大科技项目与依托单位组织结构的适应性问题，以图管窥答案。　　本文首先通过对有关科研管理文献的梳理，梳理出对重大科技项目管理的研究文献分为三个层次——体制机制层次、组织结构层次和项目管理层次，本文选择从重大科技项目依托科研机构的组织结构视角来分析科研管理问题。其次理清了重大科技项目的内涵、特点和地位，并采用九级技术成熟度模型对重大科技项目进行了比较科学的分为三类——概念研究阶段、技术开发阶段和工程研制阶段。在此基础上，总结了每一类重大科技项目的特点，分析了对依托单位组织结构的需求，并提出了适合承担该阶段重大科技项目的组织结构类型建议。然后作者以水声通信技术的发展为案例，分析了项目研究单位中国船舶科学研究中心和声学研究所的组织结构特点及其与承担项目的适应性问题，有力地说明了依托单位的组织结构对重大科技项目的影响。最后得出结论，随着技术创新从原理向应用不断发展，科研机构承担重大科技项目的类型也会逐步发生改变，依托单位需要根据重大科技项目的类型适当调整其组织结构，以促进技术创新的应用。