南瓜属（Cucurbita）植物起源于美洲，种类丰富，用途广泛，是世界上非常重要的蔬菜作物之一。目前，栽培种大部分都是蔓生品种，其蔓较长，有的可长达15米，在栽培和管理过程中存在许多不便。矮化植株因其高产，便于果实采收，节省土地资源和劳动力的优势，近年来一直受研究者的青睐。矮生资源也成为了非常宝贵的种质资源。本研究以一个新的矮生印度南瓜为材料，对其进行遗传学分析，用AFLP技术寻找与南瓜短蔓基因连锁的分子标记，并用cDNA-AFLP(cDNA Amplified Fragment Length Polymorphism)技术对其植株节间的基因表达进行分析，同时，采用RT-PCR(Reverse Transcriptase Polymerase Reaction)技术对蔓伸长的相关差异表达片段(Transcript Derived Fragments TDFs)在不同发育阶段的营养组织和生殖组织中的表达情况。主要研究结果如下：　　 1.进行了短蔓性状的遗传学分析　　 该矮生材料由于极少出现雌花，所以在有长蔓植株和短蔓植株的株系里，以长蔓株为母本，短蔓株为父本杂交，或长蔓植株自交，后代分株系种植，对它们的后代分离情况进行统计分析。用长蔓株和短蔓株杂交，如果F1全是长株，自交F2长蔓、短蔓株符合3：1分离比例；如用短蔓植株与F1回交，下一代长蔓、短蔓株符合1：1分离比例。多代、多株系的试验结果均如此。表明该短蔓性状由一对隐性核基因控制。　　 2.建立与优化了南瓜AFLP体系　　 以南瓜长蔓株和短蔓株为材料，通过优化选择性扩增重要因素：Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶的用量、预扩产物稀释倍数，确立了适用于南瓜AFLP的最佳反应体系，为后续实验奠定了基础。　　 3.获得了与短蔓基因连锁的分子标记　　 用64对MseI/EcoRI引物组合，找到了一个与矮生基因相连锁的分子标记。该标记在短蔓植株与杂合植株中都出现，在纯合长蔓植株中不出现。对该标记片段进行回收、克隆、测序，该片段长度为149bp。与杨树CBL-interacing蛋白激酶有96％的同源性。　　 4.进行了长蔓和短蔓植株基因表达差异的cDNA-AFLP分析　　 利用cDNA-AFLP技术比较分析了长蔓植株和短蔓植株的基因表达差异，获取了120条TDFs，成功回收到94条，并进行测序，在Blastx数据库中比对，发现这些片段代表的基因分别涉及细胞壁合成与调控、电子传递和能量途径、转录调控和信号转导、防卫与胁迫反应、普通新陈代谢、蛋白质代谢、转运通道等方面。　　 5.分析了部分蔓伸长相关基因表达模式的RT-PCR　　 选取7个基因片段进行了RT-PCR验证，发现4个基因片段与cDNA-AFLP的分析结果相同，都在短蔓植株茎节中特异表达，同时对上述4个差异片段在短蔓植株上进行差异表达分析，发现这4个片段在短蔓植株的不同组织中有不同的表达模式。