本文以短花针茅为研究对象，基于叶绿体片段重建了该种的谱系地理历史，试图解释第四纪气候震荡对干旱区草原的形成有何影响，对生长在干旱区草原植物分布和种内谱系分化有怎样的影响。本文在内蒙古高原、鄂尔多斯高原、黄土高原和新疆等地获取了11个居群165个个体材料，利用叶绿体基因片段trnL-trnF和trnH-psbA对植株个体进行标记，采用谱系地理分析方法进行数据处理。　　本研究主要内容包括：⑴两个叶绿体片段具有丰富的变异位点，共检测到41个单倍型，主要分为三大谱系支。内蒙古高原地区的短花针茅居群具有较高的单倍型多态性，并且出现了遗传混杂;新疆居群与内蒙古居群存在异域分化现象。分析表明，居群间的遗传分化较大（Fst=0.66167），基因流较小。⑵短花针茅居群存在显著的谱系地理结构。短花针茅的起源分化中心可能存在两个，即样点东部区域和新疆地区。短花针茅种群较为稳定，在现代气候条件下，样点东部区的短花针茅群体可能经历了近期扩张。BEAST对分化时间的估算表明，短花针茅在0.96Ma时新疆天山与其余两支分化，0.57Mya时期内蒙古高原居群与黄土高原居群发生分化。⑶利用物种的生态位模型(ENM)，估测了古地质气候下短花针茅种群分布动态。我们发现，在间冰期(0.14-0.12Ma)短花针茅已有分布，但从末次盛冰期(0.021-0.018Ma)到现代，由于气候有利于短花针茅的生存，在适宜的生境中该物种得到进一步的迁移与扩散。因此，尽管短花针茅起源时间较晚，但是种群扩散较快。在第四纪气候波动下，以短花针茅为代表的荒漠草原分布范围呈现出扩展的变化趋势。