两株放线菌多相分类与阿拉尔链霉菌TRM 155-22遗传操作体系构建

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新疆特殊的极端盐碱环境,可能蕴含着丰富的放线菌新物种资源;本课题组前期研究发现放线菌新种阿拉尔链霉菌TRM 155-22可产生对棉花枯萎病和黄萎病有较强抑制性的氧蒽酮霉素。而氧蒽酮霉素生物合成基因簇研究尚未见报导。本研究对来自新疆典型盐环境的两株放线菌进行了多相分类鉴定,确定其分类地位;构建了阿拉尔链霉菌TRM 155-22的遗传操作体系,在分析TRM 155-22全基因组测序的基础上,构建了oxy 1060与oxy 1063基因的重组质粒,准备对阿拉尔链霉菌生物合成基因簇关键基因进行功能验证,以期探索氧蒽酮霉素合成途径,为定向生物合成奠定基础。1.新物种TRM 46250与TRM 41337的多相分类通过对菌株TRM 46250和TRM 41337基因型特征、形态特征、生理生化特征以及化学特征的鉴定,以及与相似菌株进行比较分析证实了这两株菌为放线菌新物种,分别命名阿克苏拟诺卡氏菌(Nocardiopsis akesuensis)、盐湖链霉菌(Streptomyces salilacus)。2.阿拉尔链霉菌TRM 155-22遗传操作体系的建立通过建立蒽酮类抗生素氧蒽酮霉素产生菌阿拉尔链霉菌TRM 155-22的遗传操作体系,以便进行氧蒽酮霉素相关生物合成基因的体内基因敲除。首先成功制备了阿拉尔链霉菌TRM 155-22的原生质体,然后以整合型质粒p KC1139为外源DNA,探索和优化了阿拉尔链霉菌TRM 155-22菌株与大肠杆菌进行接合转移和原生质体转化实验的方法和条件,成功将质粒pKC1139转化进入阿拉尔链霉菌。最后对两种方法进行了比较,大肠杆菌-链霉菌属间接合转移方法简单,且在MS培养基中转化效率高达84.2%,确定接合转移为外源基因导入的最佳方法。3.阿拉尔链霉菌TRM 155-22菌株的oxy 1060与oxy 1063基因重组质粒构建阿拉尔链霉菌进行全基因组测序后,采用antiSMASH对基因组进行分析,寻找到氧蒽酮霉素合成过程中的2个关键基因oxy 1060与oxy 1063。比对结果显示oxy 1060与放线菌紫素聚酮合酶酰基载体基因一致性为85%,oxy 1063与假定的放线菌紫素聚酮化合物β酮酰基基因一致性为92%。因此推测其可能参与聚酮链的起始和延伸。设计引物扩增oxy 1060与oxy 1063基因的上下游同源臂与Apr抗性基因,将五个片段连接进入pSK质粒进行测序,结果显示扩增到的与设计的基因片段100%匹配,无碱基突变。然后将oxy 1060与oxy 1063基因上下游同源臂与Apr抗性基因连接进入pJTU1278质粒,成功建立阿拉尔链霉菌TRM 155-22的oxy 1060与oxy 1063基因重组质粒。以期对oxy 1060与oxy 1063基因进行敲除与分析。本研究对两株放线菌新物种的鉴定丰富了放线菌物种资源库;阿拉尔链霉菌遗传操作体系的建立与oxy 1060和oxy 1063基因重组质粒的构建为分析氧蒽酮霉素生物合成基因簇提供了研究基础。
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