随着中国的改革开放逐渐深入，市场经济制度替代了计划经济制度，传统的农村合作医疗制度逐步失去了自身存在的条件，全国由此开始了关于农村合作医疗制度的一系列改革与发展。从2003年伊始开始的新型农村合作医疗对提高农民健康保障水平，减轻农民医疗负担具有重要作用，符合现阶段广大农民的迫切愿望。新型农村合作医疗自2004年在温州试点以来，实施了将近十年，总体发展健康良好，农民的受益水平显著提高，确实减轻了农民“看病难，看病贵”的问题，取得了一些成效，有其鲜明的特点。本文分析了温州市新型农村合作医疗改革在筹资机制、医疗分配、补偿机制、基金管理、乡镇卫生基础等5个方面面临的问题。利用SWOT分析理论，对目前温州市新型农村合作医疗制度内部环境的优势、劣势以及外部环境的机会、威胁进行了分析，最后提出温州市新型农村合作医疗改革的思路与对策。