跨区域研发合作是中国区域创新政策设计重要议题。本文以中国跨区域研发合作模式及其演化为主线，通过理论建模和实证分析阐明中国跨区域研发合作模式特征与演化路径，揭示影响中国跨区域研发合作模式的多维邻近性作用效果及其阶段性变化，以期从动态视角探究中国跨区域研发合作的影响因素，为区域协调发展政策设计提供证据。
　　首先，基于区域创新体系理论，本文以跨区域知识流动为载体，从组织维度出发，将跨区域研发合作划分为跨区域企业间合作、跨区域学研间合作、跨区域企业与学研合作三种模式。同时，基于演化经济地理学理论，将组织模式与空间分布、技术分布相结合，构建“地理—组织—技术”三维度的跨区域研发合作模式演化分析框架。在此基础上，采用区域间合作申请发明专利数据，以核心政策为节点，对中国跨区域研发合作模式演化特征进行分时段(1985-1998年、1999-2006年、2007-2015年)考察。研究发现，中国跨区域研发合作模式演化具有显著阶段性特征，且与国家经济转型和科技体制改革的演进历程相关。具体表现为:主导模式以2006年为分界点，2006年以前跨区域企业与学研合作模式为主导，2006年以后跨区域企业间合作模式占主导;空间分布以1999年为分界点，1999年以前跨区域企业间近距离合作比重较高，1999年后有学研参与的两种模式近距离合作比重较高;技术分布上，有企业参与的两种模式大都发生在关联性较强的领域，跨区域学研间合作主要发生在关联性较弱的领域。
　　其次，整合新经济地理学的“四次转向”及相关理论，本文将地理区位、技术联系、关系嵌入和制度情境纳入统一框架，从邻近性视角切入，选取四类区域间邻近(地理邻近、技术邻近、关系邻近和制度邻近)，构建多维邻近影响跨区域研发合作模式的研究框架，并详细阐明四类区域间邻近及两两邻近交互对跨区域研发合作模式的作用机理，进而提出相应的研究假设。
　　最后，本文设计了一个多阶段回归的实证方案，以中国31个区域为样本，采用社会网络分析的QAP方法，对上述所提研究假设进行了分时段检验，主要得到以下结论:(1)在多维邻近主效应方面，地理邻近的作用效果逐时段下降，且其对有学研参与的两种跨区域研发合作模式影响更为显著;技术邻近的作用效果整体从正向促进变成了负向阻碍，其中，跨区域企业间合作、跨区域学研间合作两种模式均对区域间技术差异性需求较强，跨区域企业与学研合作模式对区域间技术相似性需求较强;基于区域间既有合作关系表征的关系邻近的作用效果存在时段差异与模式差异，基于区域间既有合作数量表征的关系邻近的作用效果均正向显著，且其对跨区域企业与学研合作模式促进作用最强;制度邻近的作用效果均正向显著，且其对跨区域企业间合作模式促进作用最强。(2)多维邻近交互效应主要在后两个时段(1999-2006年、2007-2015年)发挥作用。制度邻近与关系邻近主要表现为互补关系，基于信任的非正式嵌入与基于市场的正式制度调节可共同促进跨区域研发合作水平提升;技术邻近与其他邻近主要表现为替代关系，尤其是在2007-2015年，区域间较强的关系嵌入与相近的制度环境可弥补技术邻近对跨区域研发合作的负向作用;地理邻近负向调节其他邻近与跨区域企业间合作或跨区域学研间合作的关系，对于之前存在合作关系的两区域，当双方学习机会、合作经验或共享制度环境水平一定时，彼此地理距离越远，两区域企业间或学研间研发合作水平越高，但若两区域之前无合作关系，彼此地理距离越近，双方研发合作水平越高。