经过近二十年的发展，我国产学研合作创新取得了很大成效，但是现实中的合作中依然存在问题，比如合作的动力不足，知识产权的纷争以及利益分配的问题等，科技成果不能与经济需求有效结合、不能满足市场需求的现象仍然存在，资源的配置也并十分不合理。现有的研究大都从宏观的角度给出改善建议，但如果不能系统全面的把握产学研合作过程，不明确合作各方在产学研合作中的地位，不洞悉合作方之间的制约与促进关系，不考虑环境因素对产学研合作的影响作用，不了解产学研合作的运行机理，就很难从根本上剖析产学研合作，也就很难将相应的改善建议落实到操作层面上。通过对产学研合作现状以及生态群落在管理与创新领域应用的研究，本文提出了应用生态群落理论研究产学研的可行性与必要性。从产学研的结构，合作环境，合作主体及主体间的合作关系四个角度对产学研合作过程进行了剖析；进而，从合作动力，资金等五个方面对产学研合作的关系进行了梳理，结合产学研的合作关系与产学研的群落特征，认为特定区域的产学研合作创新具有类似生物群落的特征，构建了基于生态群落理论的产学研创新群落的框架；采用文献总结的方式对近十年来产学研合作机制的研究点进行了归纳总结。本文认为产学研合作的顺利进行需要处理好两个关系，一是成员关系，包括三个方面：动力源、合作伙伴的选择、成员间的相互信任。本文从五个方面分析了产学研合作的动力，以期能够更好的认识合作的机会。其次，在分析产学研合作伙伴选择的复杂性与选择方法的基础上，本文认为产学研合作伙伴的选择是一个多目标决策问题，提出了基于熵权的选择方法。最后，分析了产学研合作伙伴间相互信任的影响因素，应用博弈论的方法分析了合作成员的信任选择过程，本文认为要想使成员间的相互信任机率提升，必须要提升其选择不信任的机会成本，或是建立长期的合作关系。二是利益分配关系，具体而言包括两点：一是分配比例，二是保证合作方的努力水平。针对这两点，构建了产学研合作的利益分配模型，得出了产学研合作利益的最优分配比例以及确定了努力水平及分配比例之间的关系。