中国保税区经过十几年的发展正逐步走向成熟，初步显示出其特有的经济活力和辐射功能。但随着经济全球化和区域经济整合步伐的加快，保税区的发展也面临严峻的挑战，正处在向自由贸易区转型的紧要关头。与此同时，大陆和台湾相继加入WTO后，如何深入客观地探讨新形势下海峡两岸经贸关系的走势，适应两岸经贸发展的迫切需要，充分利用保税区“境内关外”的优势，尽快推动中国保税区向自由贸易区转型，构建“海峡两岸自由贸易区”，在海峡两岸逐步建立起一种要素无障碍流动的自由贸易关系，以具体体现两岸之间“一个国家，两个关税区”的特殊关系和客观现实，构建海峡两岸经贸合作的崭新框架，这是一个亟待深入研究探讨的重大课题。 本论文从中国保税区的实际情况出发，在认真分析中国保税区实践过程中产生的新问题、出现的新情况的前提下，从理论和实践两个方面对保税区的涵义、功能拓展、管理体制、优惠政策、发展目标等一系列问题进行深入探讨。通过比较研究途径，分析比较中国保税区与世界自由贸易区的异同，探索中国保税区向自由贸易区转型的必要性、可行性及战略性选择，着重借鉴、吸收国外自由贸易区及自由港发展的成功做法和经验教训，理出一个比较清晰的转型模式、步骤、路径以及所需的配套政策。在经济全球化和区域经济一体化的国际经济大背景下，结合’WTO框架下中国由外向型向开放型转换的经济发展战略，本文提出了中国保税区贸工结合的开发型目标模式的构想，试图为中国保税区向国际上通行的自由贸易区转型提供理论依据；为国家制定保税区的发展战略及相应政策提供设计方案和政策框架：为地方政府及有关部门研究解决有关保税区问题提供具有操作性的政策建议；也为各保税区制定发展战略、调整工作思路、解决实际问题提供参考依据、理论思路和操作对策。特别是在WTO架构下，重点考量海峡两岸产业互补性和经济内在联系及地缘、人文、历史等有利条件，衡量区域经济关系发展自然规律与国际竞争力等，借鉴并汲取EU、NAFTA、CAFTA等自由贸易区主要模型的实践经验，探讨在海峡两岸率先建立自由贸易区的设想以及构建海峡两岸自由贸易区的路径和目标。 论文指出，从国际法的角度分析，构建台湾海峡两岸自由贸易区，不仅有现实的必要性，而且具有法律上的可行性。大陆与台湾基于各自经济进一步发展的内在需要，目前已经形成的自发的功能性一体化正在谋求转为由两岸共同参与推动的制度性一体化，而制度性经济融合的过程是一个海峡两岸各自经济权力在一定意义上的弱化、让渡或延伸的过程。构建海峡两岸自由贸易区，在推动两岸商品和生产要素自由流动，并透过市场范围扩大和交易成本减少，提升两岸资源配置效率和产业竞争力，促进两岸产业分工和经济发展方面有着不可替代的重要作用。两岸经济的整合发展是提高海峡两岸竞争力的基础，唯有实现直接“三通”，形成两岸经济的深度融合，互惠互利，互为依存，才能突破两岸关系的僵局。面对贸易全球化和科技信息化的来临，两岸必须以经济优先为首要考量，果断开启深化两岸经济合作与整合的大门，通过设立海峡两岸自由贸易区，构建两岸经贸关系永续发展的崭新框架，携手创造两岸共荣双赢的局面。