土地增值税是我国税制中一个较为特殊的税种,它是用来调控房地产行业和市场重要的税种之一。自1994年发布到以后的开征起它就一直饱受争议,在当前房地产税收体系中,土地增值税也存在实际操作复杂、缴税迟滞、避税集中,以及扭曲较严重等情形。从2007年以来,税务机关土地增值税征管虽然颇有成效,2018年度该税种的收入已达5642亿,但因房地产行业情况多样,土地增值税的税制设计也比其他税种复杂,该税种的清算还需要审核大量跨年度收入、成本和费用,以及税务机关和房企之间相关财务信息不对称等原因,导致该收入可观的税种在税制和征管制度上都存在较多问题亟待解决。本文通过溯源土地增值税发展历程和理论依据,分析房地产开发企业土地增值税存在的税制上、征管实践上的问题,总结了房地产开发企业土地增值税清算检查案件中的常见具体问题,并利用logistic模型对房地产开发企业土地增值税清算稽查数据进行分析应用,结合新时代财税体制改革,对房地产开发企业土地增值税税制、征管、稽查及配套设施提出一些对策建议。