很多有利基因通常是隐藏的，为挖掘这些基因，以高产不耐旱的籼稻IR64为轮回亲本，100个来源于不同国家的具有广泛遗传性的品种为供体，通过分子回交育种方法，获得一系列IR64遗传背景的近等基因渗透系，经过多年在干旱胁迫下的筛选和鉴定，得到了36个在亲本中未表现的综合性状优良的抗旱的导入系。 为挖掘这些有利基因，研究它们的抗旱机理，本研究从不同的生育期不同的环境设计试验。水培试验，主要针对这些被选择的抗旱品系对外源激素不同反应进行鉴定，在外源激素作用下，这些不同的导入系间以及与轮回亲本间有不同的性状表现，表明了它们不同的抗旱机理。部分敏感的导入系，当遭遇干旱的时候，可以通过激素的调节，更好的适应干旱。同时，结果也证明了，此种方法可以作为苗期鉴定水稻抗旱性的方法。温室盆栽试验，通过研究发现，它们在水分利用、黎明前水势和叶片相对含水量上没有显著差异，部分导入系在15cm以下根系的生长存在显著差异，这表明了，部分抗旱品系具有发达的根系以适应干旱，同时证明了性状之间存在着显著的复杂关系；仅仅3个导入系根系显著高于对照，说明了研究这些导入系干旱条件下提高产量的复杂性。由于环境与基因的互作，在水田和旱地条件下其抗旱机理是不同的，因此它们在两种生态条件下的也具有不同的适应性。研究证明，旱地的缓慢胁迫，植株仅仅能维持生存，更多的差异在水田的干旱胁迫下得到了充分的体现，大部分的品系表现出了较好的综合性状，尤其是在生物产量和籽粒产量上，29个品系产量显著高于IR64(P＜0.05)，许多与IR64相似的半矮秆的品系表现出了更高的产量，这说明，这些品系保留了IR64所具有的控制株高的基因sd-1，同时也证明了，通过基因渗透的方法，整合矮秆株型和高产性状成为可能，并且隐藏的高产基因得以表达。通过综合分析，旱田胁迫品系中卷叶分数和对外源激素的反应看出，作物的抗旱性的关键在于适应干旱环境。温室和大田的比较发现，干旱条件下在许多性状变化并没有一致性，这说明了，环境与基因存在着复杂的互作关系。另外，本研究也利用SSR标记对这些抗旱品系控制同一性状的等位基因以及复等位基因进行了鉴定。初步的研究表明，来源于不同供体或者同一供体的不同基因片断渗透到不同的后代，这都将为以后的相关数量性状定位，挖掘在亲本中隐藏的基因，以及不同有利QTLs/genes聚合打下基础，用于分子辅助育种，培育高产、抗旱等综合性状优良的水稻品种。